Este es el comando andi que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
andi - estima la distancia evolutiva
SINOPSIS
andi [-jlv] [-b INT] [-p FLOAT] [-m MODELO] [-t INT] ARCHIVOS...
DESCRIPCIÓN
andi estima la distancia evolutiva entre genomas estrechamente relacionados. Para esto andi
lee las secuencias de entrada de RÁPIDO archivos y calcula la distancia de anclaje por pares. los
La idea detrás de esto se explica en un artículo de Haubold et al. (vea abajo).
SALIDA
La salida es una matriz de distancia simétrica en FELIPE formato, con cada entrada que representa
divergencia con un número real positivo. Una distancia de cero significa que dos secuencias son
idénticos, mientras que otros valores son estimaciones de la tasa de sustitución de nucleótidos (Jukes-
Cantor corrigió). Por razones técnicas, la comparación puede fallar y no se puede realizar una estimación.
calculado. En esos casos nan está impreso. Esto significa que las secuencias de entrada fueron
demasiado corto (<200 pb) o demasiado diverso (K> 0.5) para que nuestro método funcione correctamente.
CAMPUS
-B, --oreja
Calcule múltiples matrices de distancia, con n-1 arrancado desde el primero. Ver el
artículo de Klötzl & Haubold (2016, en revisión) para una explicación detallada.
-j, --entrar
Utilice este modo si cada uno de sus RÁPIDO archivos representa un conjunto con numerosos
contigios andi entonces tratará todas las secuencias contenidas por archivo como un solo
genoma. En este modo, se debe proporcionar al menos un nombre de archivo a través de la línea de comando
argumentos. Para la salida, el nombre del archivo se usa para identificar cada secuencia.
-l, --memoria baja
En modo multiproceso, andi requiere memoria lineal a la cantidad de subprocesos. los
El modo de memoria baja cambia esto a una demanda constante independiente del número utilizado
de los hilos. Desafortunadamente, esto tiene un costo de ejecución significativo.
-m, --modelo
Se admiten diferentes modelos de evolución de nucleótidos. Por defecto el Jukes-Cantor
se utiliza la corrección.
-p
Importancia de un par de ancla; predeterminado: 0.05.
-t
El número de subprocesos que se utilizarán; de forma predeterminada, se utilizan todos los procesadores disponibles.
El subproceso múltiple solo está disponible si andi fue compilado con soporte OpenMP.
-v, --verboso
Imprime información adicional. Aplicar varias veces para obtener más verbosidad.
-h, --ayuda
Imprime la sinopsis y una explicación de las opciones disponibles.
--versión
Muestra información sobre la versión y reconocimientos.
DERECHOS DE AUTOR
Copyright © 2014, 2015 Fabian Klötzl Licencia GPLv3 +: GNU GPL versión 3 o posterior.
Este es un software gratuito: puede cambiarlo y redistribuirlo. NO HAY GARANTÍA,
en la medida permitida por la ley. El texto completo de la licencia está disponible en
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
AGRADECIMIENTOS
1) andi: Haubold, B. Klötzl, F. y Pfaffelhuber, P. (2015). andi: Rápido y preciso
estimación de distancias evolutivas entre genomas estrechamente relacionados
2) Algoritmos: Ohlebusch, E. (2013). Algoritmos bioinformáticos. Análisis de secuencia, genoma
Reordenamientos y reconstrucción filogenética. págs. 118 y sig.
3) Construcción SA: Mori, Y. (2005). Breve descripción del sufijo mejorado de dos etapas
algoritmo de clasificación. http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
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