Este es el comando autodock4 que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
autodock - acoplamiento de ligandos químicos a receptores de proteínas
SINOPSIS
autodock4 [opciones]
DESCRIPCIÓN
AutoDock realiza el acoplamiento automático de compuestos químicos a proteínas, es decir, predice
cómo las moléculas pequeñas, como sustratos o candidatos a fármacos, se unen a un receptor de 3D conocido
estructura.
AutoDockSuite consta de dos programas principales de los cuales AutoDock realiza el acoplamiento de
el ligando a un conjunto de cuadrículas que describen la proteína objetivo y AutoGrid calcula previamente
estas rejillas.
CAMPUS
-p nombre_archivo_parámetro
-l nombre_archivo_registro
-o Utilice el antiguo formato PDBQ, cargue q en las columnas 55-61
-k Mantenga los números de residuos originales
-i Ignorar la comprobación del encabezado
-t Analice el archivo PDBQ para comprobar las torsiones y luego deténgase.
-c < command_file Modo de comando, por archivo
-c | control_program Modo de comando, por control_program
EJEMPLO
En Debian, el directorio / usr / share / doc / autodock ofrece ejemplos para ejecutar. Cambiar a eso
y descomprima (como root) los archivos de mapa comprimidos con gzip, luego ejecute AutoDock como se muestra
aqui:
gunzip * .map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
La suite AutoDockTools ayuda a interpretar los resultados. Por favor también inspeccione el
tutoriales ofrecidos en línea.
Utilice autodock4 en línea utilizando los servicios de onworks.net