cmtk-reformatx: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

reformatx - reformateo de volumen

SINOPSIS

reformatx [opciones] - flotante flotanteImg objetivo x0 [x1 ...]
O reformatear [opciones] destino [x0 x1 ...] {-j, - jacobian} xx0 [xx1 ...]
O DONDE x0 ... xN y xx0 ... xxN es [{-i, - inversa}] transformación ##. (Si el primero
la transformación en la secuencia está invertida, entonces '--inverse' debe estar precedido por '-',
es decir, use '- --inverse xform.path').

DESCRIPCIÓN

Herramienta de reformateo de volumen extendida para calcular imágenes reformateadas y mapas jacobianos desde
secuencias arbitrarias de transformaciones concatenadas

CAMPUS

Buscar Kit de herramientas Opciones (estas en compartido by todo el CMTK herramientas)
--ayuda
Escriba la lista de opciones básicas de la línea de comandos en la salida estándar.

--ayudar a todo
Escriba una lista completa de opciones de línea de comandos básicas y avanzadas en la salida estándar.

--wiki
Escriba la lista de opciones de la línea de comandos en la salida estándar en el marcado de MediaWiki.

--hombre
Escriba el código fuente de la página man con el marcado 'nroff' en la salida estándar.

--versión
Escriba la versión del kit de herramientas en la salida estándar.

--eco
Escribe la línea de comando actual en la salida estándar.

- nivel de verbo
Establecer el nivel de verbosidad.

--verboso, -v
Incrementar el nivel de verbosidad en 1 (obsoleto; admitido por compatibilidad con versiones anteriores).

--hilos
Establezca el número máximo de subprocesos paralelos (para subprocesos POSIX y OpenMP).

--Tipo de salida
Tipo de datos escalares para la imagen de salida. Valores admitidos: "char", "byte", "short",
"ushort", "int", "uint", "float", "double", o utilice uno de los siguientes:

--carbonizarse
8 bits, firmado

--byte
8 bits, sin firmar

--pequeño
16 bits, firmado

--corto
16 bits, sin firmar

--En t
32 bits firmados

--uint
32 bits sin firmar

--flotador
Punto flotante de 32 bits

--doble
Punto flotante de 64 bits

--rellenar con , -P
Valor de relleno para la imagen de salida [Defecto: 0]

Opciones para Natural Reformateo
--interpolación
Método de interpolación de imágenes. Valores admitidos: "linear", "nn", "cubic", "pv", "sinc-
coseno "," sinc-hamming ", donde el valor predeterminado es" lineal ", o utilice uno de los siguientes:

--lineal
Interpolación trilineal [Esta is las defecto]

--nn Interpolación del vecino más cercano

--cúbico
Interpolación tricúbica

--pv Interpolación de volumen parcial

--inc-coseno
Interpolación Sinc con ventana de coseno

--sinc-hamming
Interpolación Sinc con ventana de Hamming

- radio de ventana incl.
Radio de ventana para interpolación Sinc [Defecto: 3]

- preservar-masa
Reformateo de preservación masiva: multiplique cada valor reformateado con el jacobiano
determinante de la transformación aplicada.

Opciones para Jacobiano Mapa Reformateo
--jacobian-correcto-global
Corregir mapas jacobianos para escala global.

--no-jacobiano-correcto-global
No corrija los mapas jacobianos para la escala global. [Esta is las defecto]

Entrada Opciones
- cuadrícula de destino
Defina la cuadrícula de destino para reformatearla como Nx, Ny, Nz: dX, dY, dZ [: Ox, Oy, Oz]
(atenúa: píxel: desplazamiento)

--máscara, -m
Utilice los datos de píxeles de destino como máscara binaria.

--cultivo
Recortar imagen de destino: x0, y0, z0, x1, y1, z2

--desplazamiento de destino , -O
Anule el desplazamiento de la imagen de destino y establezca en x, y, z mm

--píxeles de compensación de destino
Anule el desplazamiento de la imagen de destino y configúrelo en píxeles dx, dy, dz

--flotante , -F
Formato y ruta de la imagen flotante. [Defecto: NINGUNO]

--pad-flotante
Valor de relleno para la imagen flotante [Defecto: discapacitado]

Salida Opciones
--archivo de salida , -o
Formato y ruta de la imagen de salida. [Defecto: reformatear.nii ]

Imagen / Transformación Base de datos
--db
Ruta a la base de datos de imagen / transformación que debe actualizarse con la nueva
imagen. [Defecto: NINGUNO]

AUTORES

Torsten Rohlfing, con contribuciones de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff y Yaroslav Halchenko

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