Este es el comando create_matrix que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
create_matrix: calcula la matriz de similitud de abundancia del genoma
SINOPSIS
crear_matriz [opciones] NOMBRES
DESCRIPCIÓN
Calcula la matriz de similitud.
Primero, se simula un conjunto de lecturas para cada genoma de referencia utilizando un simulador de lectura de
core / tools.py especificado a través de -s. En segundo lugar, se mapean las lecturas simuladas de cada especie
contra todos los genomas de referencia utilizando el mapeador especificado con -m. En tercer lugar, el resultado
Los archivos SAM se analizan para calcular la matriz de similitud. La matriz de similitud se almacena
como un archivo numpy-o).
CAMPUS
NOMBRES Nombre de archivo del archivo de nombres; el archivo de nombres de texto sin formato debe contener un nombre por
línea. El nombre se utiliza como identificador en todo el algoritmo.
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
-s SIMULADOR, --simulador=SIMULADOR
Identificador del simulador de lectura definido en core / tools.py [predeterminado: ninguno]
-r ÁRBITRO, --referencia=REF
Patrón de archivo de secuencia de referencia para el simulador de lectura. El marcador de posición para el nombre es
"%s". [predeterminado: ./ref/%s.fasta]
-m MAPEADOR, --mapeador=MAPEADOR
Identificador del asignador definido en core / tools.py [predeterminado: ninguno]
-i ÍNDICE, --índice=ÍNDICE
Archivos de índice de referencia para el asignador de lectura. El marcador de posición para el nombre es "% s".
[predeterminado: ./ref/%s.fasta]
-t TEMPERATURA, --temperatura=TEMP
Directorio para almacenar conjuntos de datos simulados temporales y archivos SAM. [predeterminado: ./temp]
-o AFUERA, --producción=OUT
Archivo de matriz de similitud de salida. [predeterminado: ./similarity_matrix.npy]
Use create_matrix en línea usando los servicios de onworks.net