Este es el comando delta-filter que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
delta-filter: lee un archivo de alineación delta desde nucmer o promer y filtra el
alineaciones
SINOPSIS
filtro delta [opciones]
DESCRIPCIÓN
-1 Alineación 1 a 1 que permite reordenamientos (intersección de -r y -q alineaciones)
-g Alineación global 1 a 1 que no permite reordenamientos
-h Mostrar información de ayuda
-i flotar
Establecer la identidad de alineación mínima [0, 100], por defecto 0
-l int Establece la longitud mínima de alineación, por defecto 0
-m Alineación de muchos a muchos que permite reordenamientos (unión de -r y -q alineaciones)
-q Asigna cada posición de cada consulta a su mejor resultado en la referencia, lo que permite
superposiciones de referencia
-r Asigna cada posición de cada referencia a su mejor resultado en la consulta, lo que permite
superposiciones de consultas
-u float Establece la unicidad de alineación mínima, es decir, el porcentaje de
la alineación que coincide con la referencia única Y la secuencia de consulta [0, 100], por defecto 0
-o flotar
Establezca la superposición de alineación máxima para -r y -q opciones como porcentaje del
longitud de alineación [0, 100], por defecto 100
-v Imprima las alineaciones descartadas en lugar de las que pasan los filtros
-b Duplicaciones de mapas (XOR de -r y -q alineaciones, una u otra pero no ambas)
Lee un archivo de alineación delta de nucmer o promer y filtra las alineaciones basadas
en los conmutadores de la línea de comandos, dejando solo las alineaciones deseadas que se envían a
stdout en el mismo formato delta que la entrada. Para varios conmutadores, orden de operaciones
es el siguiente: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Si una alineación es excluida por un precedente
operación, será ignorada por las operaciones subsiguientes.
Una distinción importante entre el -g opción y el -1 y -m opciones es que -g
requiere que las alineaciones sean mutuamente consistentes en su orden, mientras que -1 y -m
no se requiere que las opciones sean mutuamente consistentes y, por lo tanto, toleren translocaciones,
inversiones, etc. En casos generales, la -m La opción es la mejor opción, sin embargo -1 puede ser
útil para aplicaciones como la búsqueda de SNP que requieren un mapeo 1 a 1. Finalmente, para
mapeo de contigs de consulta, o lecturas de secuenciación, a un genoma de referencia, utilice -q.
duplicaciones impresas con el -b las opciones son -r y -q alineaciones que no están presentes en
la alineación 1 a 1. Estas alineaciones son también la diferencia entre las -1 y -m
alineaciones
Use delta-filter en línea usando los servicios de onworks.net