Este es el comando diffseqe que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
diffseq: compara e informa características de dos secuencias similares
SINOPSIS
diferencia -una secuencia secuencia -bsecuencia secuencia -Tamaño de la palabra entero
[-diferencias globales booleano] -archivo de salida reporte -la derrota hazaña -combate hazaña
diferencia -ayuda
DESCRIPCIÓN
diferencia es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Alineación: Diferencias".
CAMPUS
Entrada .
-una secuencia secuencia
-bsecuencia secuencia
Requerido .
-Tamaño de la palabra entero
Las regiones similares entre las dos secuencias se encuentran creando una tabla hash de
'subsecuencias de tamaño de palabras. 10 es un valor predeterminado razonable. Haciendo este valor más grande (20?)
puede acelerar el programa ligeramente, pero significará que dos diferencias dentro de
el 'tamaño de palabras' de cada uno se agrupará como una única región de diferencia. Este valor
puede hacerse más pequeño (4?) para mejorar la resolución de las diferencias cercanas, pero el
el programa irá mucho más lento. Valor predeterminado: 10
Adicionales .
-diferencias globales booleano
Normalmente, este programa encontrará regiones de identidad que tienen la longitud del
tamaño de palabra especificado o mayor y luego informará las regiones de diferencia entre
estas regiones coincidentes. Esto funciona bien y es lo que la mayoría de la gente quiere si están
trabajando con largas secuencias de ácido nucleico superpuestas. Normalmente no estás interesado
en los extremos no superpuestos de estas secuencias. Si tiene secuencias de proteínas o cortas
Sin embargo, las secuencias de ARN le interesarán las diferencias al final. Eso
esta opción se establece como verdadera, entonces también se informarán las diferencias en los extremos.
Valor predeterminado: N
Salida .
-archivo de salida reporte
-la derrota hazaña
Archivo para la salida de las características de la primera secuencia Valor predeterminado: $ (asequence.name) .diffgff
-combate hazaña
Archivo para la salida de las características de la segunda secuencia Valor predeterminado: $ (bsequence.name) .diffgff
Use diffseqe en línea usando los servicios de onworks.net