Este es el comando fastaq-filter que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fastaq_filter: filtra las secuencias para obtener un subconjunto de ellas
DESCRIPCIÓN
uso: fastaq_filter [opciones]
Filtra un archivo de secuencia por longitud de secuencia y / o por nombre que coincida con una expresión regular
posicional argumentos:
infile Nombre del archivo de entrada que se filtrará
archivar
Nombre del archivo de salida
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
--longitud mínima INT
Longitud mínima de secuencia para mantener [0]
--longitud máxima INT
Longitud máxima de secuencia para mantener [inf]
--expresión regular REGEXACIONES
Si se proporciona, solo se mantendrán las lecturas con un nombre que coincida con la expresión regular
--archivo_ids NOMBRE DEL ARCHIVO
Si se proporciona, solo se utilizarán las lecturas cuyo ID esté en el archivo dado. Una identificación por línea de
archivo.
-v, --invertir
Conserve solo las secuencias que no coincidan con los filtros
compañero presentar para leer pares opciones:
--mate_en NOMBRE DEL ARCHIVO
Nombre del archivo de entrada de compañeros. Si se usa, también debe proporcionar --mate_out
--mate_out NOMBRE DEL ARCHIVO
Nombre del archivo de salida de compañeros
--ambos_compañeros_pasan
De forma predeterminada, si cualquiera de las relaciones de posición pasa el filtro, ambos leerán la salida. Utilice esta bandera para
requieren que ambas lecturas de un par pasen el filtro
Utilice el filtro fastaq en línea utilizando los servicios de onworks.net