Este es el comando gaeval que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gaeval: calcula la cobertura y las puntuaciones de integridad para los modelos genéticos en función de la transcripción
alineaciones
SINOPSIS
Gaval [opciones] alineaciones.gff3 genes.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIPCIÓN
Opciones basicas:
-h| --ayuda
imprime este mensaje de ayuda y sal
-v| --versión
imprimir el número de versión y salir
Pesos para calcular la puntuación de integridad (debe sumar 1.0):
-a| --alpha: DOBLE
intrones confirmados, o% de longitud de CDS esperada para genes de un solo exón; el valor predeterminado es 0.6
-b| --beta: DOBLE
cobertura de exón; el valor predeterminado es 0.3
-g| --gamma: DOBLE
% de longitud UTR esperada de 5 '; el predeterminado es 0.05
-e| --epsilon: DOBLE
% de longitud UTR esperada de 3 '; el predeterminado es 0.05
Longitudes de características esperadas para calcular la puntuación de integridad:
-c| --exp-cds: INT
longitud de CDS esperada (en pb); el predeterminado es 400
-5| --exp-5putr: INT
longitud esperada de 5 'UTR; el predeterminado es 200
-3| --exp-3putr: INT
longitud esperada de 3 'UTR; el predeterminado es 100
Utilice gaeval en línea utilizando los servicios de onworks.net