gdcmconv: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gdcmconv - Herramienta para convertir DICOM a DICOM.

SINOPSIS

gdcmconv [opciones] entrada de archivo salida de archivo

DESCRIPCIÓN

La gdcmconv El programa de línea de comando toma como entrada un archivo DICOM (entrada de archivo) y lo procesa para
generar un archivo DICOM de salida (salida de archivo). La opción de línea de comando dicta el tipo de
operación (es) que gdcmconv usará para generar el archivo de salida.

PARÁMETROS

archivo de entrada DICOM nombre de archivo de entrada

salida de archivo nombre de archivo de salida DICOM

OPCIONES

-i: ingresa el nombre del archivo DICOM
-o - nombre de archivo DICOM de salida

ESPECÍFICO OPCIONES

-X --explícito Cambiar la sintaxis de transferencia a explícito.
-M: Sintaxis de transferencia de cambio implícita a implícita.
-U --use-dict Usa dict para VR (solo público de forma predeterminada).
--with-private-dict Utiliza private dict para VR (solo para usuarios avanzados).
-C --check-meta Verifica la metainformación del archivo (solo para usuarios avanzados).
--root-uid UID raíz.
--remove-gl Elimina la longitud del grupo (en desuso en DICOM 2008).
--remove-private-tags Elimina las etiquetas privadas.
--remove-retired Elimina las etiquetas retiradas.

IMAGEN OPCIONES

-l --apply-lut Aplicar LUT (no estándar, solo para usuarios avanzados).
-P - interpretación-fotométrica% s Cambiar interpretación fotométrica (cuando sea posible).
-w --raw Descomprime la imagen.
-d --deflated Comprimir usando deflated (gzip).
-J --jpeg Comprime la imagen en jpeg.
-K --j2k Comprime la imagen en j2k.
-L --jpegls Comprime la imagen en jpeg-ls.
-R --rle Comprime la imagen en rle (solo sin pérdida).
-F --force Forzar descompresión / fusión antes de recompresión / división.
--generate-icon Generar icono.
--icon-minmax% d,% d Valor mínimo / máximo para el icono.
--icon-auto-minmax Conmuta automáticamente los mejores valores mínimos / máximos para el icono.
--compress-icon Decide si el icono sigue a la principal TransferSyntax o permanece sin comprimir.
--planar-configuration [01] Cambia la configuración planar.
-Y --lossy Utilice el compresor con pérdidas (si es posible).
-S --split% d Escribe una imagen 2D con varios fragmentos (usando el tamaño máximo)

JPEG OPCIONES

-q --calidad% * f establece la calidad.

JPEG-LS OPCIONES

-e --lossy-error% * configuré el error.

J2K OPCIONES

-r --rate% * f tasa establecida.
-q --calidad% * f establece la calidad.
-t --tile% d,% d establece el tamaño del mosaico.
-n --number-resolution% d establece el número de resolución.
- conjunto irreversible irreversible.

GENERAL OPCIONES

-h --ayuda
imprima este texto de ayuda y salga

-v --versión
imprimir la información de la versión y salir

-V --detallado
modo detallado (advertencia + error).

-W - advertencia
modo de advertencia, imprimir información de advertencia

-E - error
modo de error, imprime información de error

-D - depuración
modo de depuración, imprimir información de depuración

SPECIAL OPCIONES

-I --ignore-errors convierto incluso si el archivo está dañado (solo para usuarios avanzados, consulte las exenciones de responsabilidad).

MEDIO AMBIENTE VARIABLE

GDCM_ROOT_UID UID raíz

SIMPLE USO

gdcmconv es una gran herramienta para convertir la implementación DICOM rota en analizable correctamente
Archivo DICOM. El uso es simplemente:

$ gdcmconv entrada.dcm salida.dcm

o si prefiere ser explícito:

$ gdcmconv -i entrada.dcm -o salida.dcm

Aunque gdcmconv puede sobrescribir directamente en el mismo archivo (input.dcm = output.dcm),
Se recomienda que el usuario primero convierta a un archivo diferente para asegurarse de que el error
es manejado correctamente por GDCM.

Casos típicos en los que querría usar gdcmconv en su forma simple:

· Convierte un archivo que no cumple con cp246 en un archivo que cumple con cp246,

· Convierte el meta encabezado del archivo de sintaxis de transferencia little endian implícito en un código explícito adecuado
sintaxis de transferencia de little endian,

· Convertir el error de bytes GE-13,

· Convertir archivo de sintaxis dual: implícito / explícito,

· Convierte el archivo doble Little Endian / Big Endian de Philips,

· Convertir campos de 1.2.0 bytes UN-2 rotos de GDCM XNUMX,

· & ...

· Todos los demás archivos rotos enumerados en la sección de referencia admitida.

Cuando no se usa otra opción, solo se inspecciona el conjunto de datos. Datos de píxeles tan encapsulados,
por ejemplo, no se inspecciona para detectar errores conocidos.

Al realizar este tipo de trabajo, suele ser una buena idea realizar algún tipo de trabajo de calidad.
control, consulte la refsección de Control de calidad de gdcmconv (abajo).

TÍPICO USO

Archive Meta Encabezamiento
Correr

$ gdcmconv entrada.dcm salida.dcm

No es suficiente volver a calcular el meta encabezado del archivo, cuando el archivo de entrada tiene errores. Es posible que desee
uso: –check-meta

$ gdcmconv --check-meta entrada.dcm salida.dcm

Vea casos típicos como: GE_DLX-8-MONO2-PrivateSyntax.dcm o
PICKER-16-MONO2-No_DicomV3_Preamble.dcm de gdcmData.

Conversión a Explícito Transferencia Sintaxis
Para convertir un archivo que se escribió con la sintaxis de transferencia implícita en una transferencia explícita
La sintaxis simplemente usa:

$ gdcmconv --explicit sin comprimir.dcm comprimido.dcm

Apresamiento a sin pérdidas JPEG
Para comprimir un archivo DICOM sin comprimir a un formato encapsulado JPEG Lossless:

$ gdcmconv --jpeg sin comprimir.dcm comprimido.dcm

Apresamiento a con pérdidas JPEG
Para comprimir un archivo DICOM sin comprimir a un formato encapsulado JPEG con pérdida:

$ gdcmconv --lossy --jpeg -q 90 sin comprimir.dcm comprimido.dcm

Nota:

-q es solo una de las muchas formas de especificar la calidad con pérdida, necesita inspeccionar el otro indicador de línea cmd para especificar las propiedades de pérdida.

Apresamiento a sin pérdidas JPEG-LS
Para comprimir un archivo DICOM sin comprimir a un formato encapsulado JPEG-LS Lossless:

$ gdcmconv --jpegls sin comprimir.dcm comprimido.dcm

Apresamiento a con pérdidas JPEG-LS
Para comprimir un archivo DICOM sin comprimir a un formato encapsulado JPEG-LS Lossy:

$ gdcmconv --lossy --jpegls -e 2 sin comprimir.dcm lossy_compressed.dcm

Nota:

-e (o –lossy-error) significa que el error máximo tolerado es 2 por cada valor de píxel

Apresamiento a sin pérdidas J2K
Para comprimir un archivo DICOM sin comprimir a un formato encapsulado JPEG-2000 Lossless:

$ gdcmconv --j2k sin comprimir.dcm comprimido.dcm

Apresamiento a con pérdidas J2K
Para comprimir un archivo DICOM sin comprimir a un formato encapsulado con pérdida JPEG-2000:

$ gdcmconv --lossy -q 55,50,45 --j2k sin comprimir.dcm lossy_compressed.dcm

Nota:

-q es solo una de las muchas formas de especificar la calidad con pérdida, necesita inspeccionar el otro indicador de línea cmd para especificar las propiedades de pérdida.

Apresamiento a sin pérdidas RLE
Para comprimir un archivo DICOM sin comprimir a un formato encapsulado RLE Lossless:

$ gdcmconv --rle sin comprimir.dcm comprimido.dcm

No existe la compresión RLE con pérdida.

Dividida encapsulado DICOM:
Para dividir un flujo encapsulado en un fragmento más pequeño (1024 bytes cada uno):

$ gdcmconv --split 1024 rle.dcm rle_1024.dcm

Si se pasa un número impar de bytes, se redondeará al siguiente número par (p. Ej.
1025 -> 1024) ya que DICOM solo permite números pares para la longitud del valor.

Obligar (re) compresión
En algún momento es necesario utilizar la opción –force. De forma predeterminada, cuando el usuario especifica –j2k y
El archivo de entrada ya está en formato DICOM encapsulado JPEG 2000, entonces no se necesita ninguna operación.
lugares. Al utilizar –force, se asegura de que se lleve a cabo la operación de (re) compresión.

Ejemplo de la vida real de por qué usarías –force:

· Cuando a Pixel Data le faltan datos / se rellena con basura

· Cuándo desea asegurarse de que GDCM pueda manejar el ciclo de descompresión y recompresión

Descomprimiendo a Comprimido DICOM integrado
$ gdcmconv --raw compressed.dcm sin comprimir.dcm

Apresamiento an Sin comprimir Ícono
De forma predeterminada, al comprimir un archivo de imagen DICOM, gdcmconv no comprimirá el icono. A
La opción de usuario debe estar activada para forzar explícitamente la compresión de la imagen del icono.
Secuencia de datos de píxeles

Por ejemplo, de forma predeterminada, no comprimiremos el atributo Datos de píxeles de secuencia de imágenes de iconos:

$ gdcmconv --jpeg gdcmData / simpleImageWithIcon.dcm icono_comprimido.dcm

En el siguiente ejemplo, comprimiremos explícitamente los datos de píxeles de la secuencia de imágenes de iconos
atributo. En ese caso, se utiliza la misma sintaxis de transferencia para los datos de píxeles principales
y los datos de píxeles de la secuencia de imágenes de iconos:

$ gdcmconv --jpeg --compress-icon gdcmData / simpleImageWithIcon.dcm compressed_icon.dcm

Generación an Ícono
Para algunas aplicaciones, puede ser necesario producir una pequeña vista previa de la imagen principal para
poder cargar rápidamente esa breve vista previa en lugar de la imagen principal. En ese caso:

$ gdcmconv --raw --generate-icon gdcmData / test.acr test_icon.dcm

En algunos casos, el elemento principal de datos de píxeles se expresa como un píxel definido en 16 bits. Ya que
El icono solo puede almacenar como máximo un píxel de tamaño de 8 bits, es necesario realizar una operación de cambio de escala.
Para seleccionar correctamente un mejor intervalo para realizar la operación de cambio de escala, el usuario puede
especifique el mínimo máximo utilizado para la operación de cambio de escala:

$ gdcmconv --raw --generate-icon --icon-minmax 0,192 gdcmData / 012345.002.050.dcm icon_minmax.dcm

Cambiar la plano Configuration
A menudo, los archivos RLE se comprimen utilizando una configuración plana diferente (RRR ... GGG ...
BBB ...) en lugar del triplete habitual (RGB ... RGB ... RGB). Entonces, al descomprimir el
La configuración plana es 1. Esto es perfectamente legal en DICOM, sin embargo, esto es
poco convencional, por lo que puede ser una buena idea cambiar también la configuración plana y
configúrelo en el valor predeterminado:

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 0 compressed.dcm sin comprimir1.dcm

Para reinvertir la configuración plana del archivo 'sin comprimir1.dcm', simplemente haga:

$ gdcmconv --raw --planar-configuration 1 sin comprimir1.dcm sin comprimir2.dcm

SIN PÉRDIDAS CONVERSIÓN

Cuando se habla de conversión sin pérdidas, existe una ambigüedad que debe entenderse.
Para lograr una relación de compresión más alta, generalmente no se utiliza el espacio de color RGB, a favor de
uno de YBR. El cambio de un espacio de color a otro (nivel de bits) no es sin pérdidas.

Para obtener más detalles, consulte cuáles son las verdaderas transformaciones sin pérdida descritas:

http://gdcm.sourceforge.net/wiki/index.php/Color_Space_Transformations

CALIDAD CONTROL

Una parte importante al usar gdcmconv es tener una forma de controlar la calidad de la salida.

Puede usar una herramienta de terceros para verificar que la salida de gdcmconv sea correcta.

DCMTK / herramientas dicom3
Usar otra implementación DICOM como la de DCMTK o dicom3tools puede ser una buena
proceso para comprobar la salida de gdcmconv.

· Para uso de DCMTK: dcmdump

· Para uso de dicom3tools: dcdump

Como referencia, gdcmconv –raw actuará como dcmdjpeg + cn + px, ya que nunca intenta convertir
espacio de color.

EMPUJE: vimdiff
Puede configurar su editor favorito para comparar la salida, por ejemplo, en vim:

autocmd BufReadPre * .dcm conjunto ro
autocmd BufReadPost * .dcm silent%! dcmdump -M + uc "%"

entonces simplemente haz:

$ vimdiff entrada.dcm salida.dcm

vbindiff
En UNIX, puede comparar visualmente archivos binarios con el comando vbindiff:

$ vbindiff entrada.dcm salida.dcm

Use gdcmconv en línea usando los servicios de onworks.net