gmx-cluster: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-cluster - Estructuras de clúster

SINOPSIS

clúster gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-dm [<.xpm>]] [-om [<.xpm>]] [-o [<.xpm>]] [-g [<.log>]]
[-distrito [<.xvg>]] [-ev [<.xvg>]] [-conv. [<.xvg>]]
[-sz [<.xvg>]] [-tr [<.xpm>]] [-ntr [<.xvg>]]
[-clid [<.xvg>]] [-cl [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [tu ] [-[ahora]
[-xvg ] [- [no] dista] [-niveles ]
[-cortar ] [-[no entra] [-máx ] [-saltar ]
[- [no] av] [-wcl ] [-nst ] [-rmsmin ]
[-método ] [-minstruir ] [- [no] binario]
[-M ] [-P ] [-semilla ] [-nitro ]
[-aleatorio ] [-kT ] [- [no] pbc]

DESCRIPCIÓN

GMX grupo puede agrupar estructuras utilizando varios métodos diferentes. Distancias entre
Las estructuras pueden determinarse a partir de una trayectoria o leerse a partir de una .xpm archivo de matriz con el
-dm opción. La desviación RMS después del ajuste o la desviación RMS de las distancias de pares de átomos puede ser
utilizado para definir la distancia entre estructuras.

enlace único: agregue una estructura a un grupo cuando su distancia a cualquier elemento del
el clúster es menor que de corte.

Jarvis Patrick: agregue una estructura a un clúster cuando esta estructura y una estructura en el
clúster se tienen unos a otros como vecinos y tienen al menos P vecinos en común. los
vecinos de una estructura son las M estructuras más cercanas o todas las estructuras dentro de corte.

Monte Carlo: reordenar la matriz RMSD utilizando Monte Carlo de modo que el orden de los fotogramas
utiliza los incrementos más pequeños posibles. Con esto es posible hacer un suave
animación que va de una estructura a otra con el mayor RMSD posible (p. ej.)
entre ellos, sin embargo, los pasos intermedios deben ser lo más pequeños posible. Aplicaciones
podría ser visualizar un potencial de fuerza media conjunto de simulaciones o un tirón
simulación. Obviamente el usuario tiene que preparar bien la trayectoria (por ejemplo, no
superposición de marcos). El resultado final se puede inspeccionar visualmente mirando la matriz.
.xpm archivo, que debe variar suavemente de abajo hacia arriba.

diagonalización: diagonalizar la matriz RMSD.

gromos: use el algoritmo como se describe en Daura et col. (Angélica. Chem. Int. Ed 1999, 38Pp pp
236-240). Cuente el número de vecinos usando el límite, tome la estructura con el mayor número de
vecinos con todos sus vecinos como clúster y eliminarlo del grupo de clústeres.
Repita para las estructuras restantes en la piscina.

Cuando el algoritmo de agrupamiento asigna cada estructura a exactamente un grupo (un solo
enlace, Jarvis Patrick y gromos) y se proporciona un archivo de trayectoria, la estructura con
la distancia promedio más pequeña a los demás o la estructura promedio o todas las estructuras para
cada grupo se escribirá en un archivo de trayectoria. Al escribir todas las estructuras, separe
Se crean archivos numerados para cada grupo.

Siempre se escriben dos archivos de salida:

· -o escribe los valores RMSD en la mitad superior izquierda de la matriz y un gráfico
representación de los grupos en la mitad inferior derecha Cuando -minstruir = 1 el gráfico
La representación es negra cuando dos estructuras están en el mismo grupo. Cuando -minstruir > 1
Se utilizarán diferentes colores para cada grupo.

· -g escribe información sobre las opciones utilizadas y una lista detallada de todos los clústeres y
sus miembros.

Además, se pueden escribir varios archivos de salida opcionales:

· -distrito escribe la distribución RMSD.

· -ev escribe los vectores propios de la diagonalización de la matriz RMSD.

· -sz escribe los tamaños del clúster.

· -tr escribe una matriz de las transiciones numéricas entre pares de clústeres.

· -ntr escribe el número total de transiciones hacia o desde cada clúster.

· -clid escribe el número de grupo en función del tiempo.

· -cl escribe promedio (con opción -AV) o estructura central de cada clúster o escrituras
archivos numerados con miembros del clúster para un conjunto seleccionado de clústeres (con opción -wcl,
depende -nst y -rmsmin). El centro de un grupo es la estructura con el
RMSD promedio más pequeño de todas las demás estructuras del clúster.

OPCIONES

Opciones para especificar archivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-dm [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap

Opciones para especificar archivos de salida:

-om [<.xpm>] (rmsd-raw.xpm)
Archivo de matriz compatible con X PixMap

-o [<.xpm>] (rmsd-clust.xpm)
Archivo de matriz compatible con X PixMap

-g [<.log>] (clúster.log)
Archivo de registro

-distrito [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-ev [<.xvg>] (rmsd-eig.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-conv. [<.xvg>] (mc-conv.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-sz [<.xvg>] (tamaño de grupo.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-tr [<.xpm>] (clust-trans.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap

-ntr [<.xvg>] (clust-trans.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-clid [<.xvg>] (id-clust.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-cl [<.xtc / .trr / ...>] (clústeres.pdb) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

Otras opciones

-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)

tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

- [no] dista (no)
Utilice RMSD de distancias en lugar de la desviación RMS

-niveles (40)
Discretice la matriz RMSD en este número de niveles

-cortar (0.1)
Corte de RMSD (nm) para que dos estructuras sean vecinas

-[no entra (si)
Utilice el ajuste por mínimos cuadrados antes del cálculo de RMSD

-máx (-1)
Nivel máximo en matriz RMSD

-saltar (1)
Analice solo cada nr-ésimo fotograma

- [no] av (no)
Escriba la estructura media iso promedio para cada clúster

-wcl (0)
Escriba las estructuras para este número de clústeres en archivos numerados

-nst (1)
Solo escriba todas las estructuras si hay más de este número de estructuras por grupo

-rmsmin (0)
diferencia mínima de rms con el resto del clúster para escribir estructuras

-método (enlace)
Método para la determinación de conglomerados: vinculación, jarvis-patrick, monte-carlo,
diagonalización, gromos

-minstruir (1)
Número mínimo de estructuras en racimo para colorear en el .xpm presentar

- [no] binario (no)
Trate la matriz RMSD como formada por 0 y 1, donde el punto de corte está dado por
-cortar

-M (10)
Número de vecinos más cercanos considerados para el algoritmo Jarvis-Patrick, 0 es el uso
de corte

-P (3)
Número de vecinos idénticos más cercanos necesarios para formar un clúster

-semilla (1993)
Semilla de números aleatorios para el algoritmo de agrupación en clústeres de Monte Carlo: <= 0 significa generar

-nitro (10000)
Número de iteraciones para MC

-aleatorio (0)
Las primeras iteraciones para MC se pueden hacer completamente al azar, para mezclar los cuadros

-kT (0.001)
Factor de ponderación de Boltzmann para la optimización de Monte Carlo (cero se apaga cuesta arriba
pasos)

- [no] pbc (si)
Verificación de PBC

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