gmx-dump: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-dump - Hacer que los archivos binarios sean legibles por humanos

SINOPSIS

volcado gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-cp [<.cpt>]] [-p [<.top>]] [-mtx [<.mtx>]] [-om [<.mdp>]]
[- [no] nr] [- [no] sys]

DESCRIPCIÓN

GMX arrojar lee un archivo de entrada de ejecución (.tpr), una trayectoria (.trr/.xtc// tng), un archivo de energía
(.edr) o un archivo de punto de control (.cpt) e imprime eso en una salida estándar en un formato legible
formato. Este programa es esencial para verificar su archivo de entrada de ejecución en caso de problemas.

El programa también puede preprocesar una topología para ayudar a encontrar problemas. Tenga en cuenta que actualmente
pólipo GMXLIB es la única forma de personalizar los directorios utilizados para buscar archivos incluidos.

OPCIONES

Opciones para especificar archivos de entrada:

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (Opcional)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-e [<.edr>] (ener.edr) (Opcional)
Archivo de energía

-cp [<.cpt>] (estado.cpt) (Opcional)
Archivo de punto de control

-p [<.top>] (topol. arriba) (Opcional)
Archivo de topología

-mtx [<.mtx>] (arpillera.mtx) (Opcional)
matriz Hessiana

Opciones para especificar archivos de salida:

-om [<.mdp>] (grompp.mdp) (Opcional)
archivo de entrada grompp con parámetros MD

Otras opciones

- [no] nr (si)
Muestre los números de índice en la salida (omitirlos facilita la comparación, pero crea
una topología inútil)

- [no] sys (no)
Enumere los átomos y las interacciones enlazadas para todo el sistema en lugar de para cada uno.
tipo de molécula

CONOCIDO CUESTIONES

· La salida de restricción de posición de -sys -s está rota

Use gmx-dump en línea usando los servicios de onworks.net