Este es el comando gmx-gyrate que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-gyrate - Calcula el radio de giro
SINOPSIS
giro gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-acf [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [-nmol ] [- [no] q]
[- [no] p] [- [no] moi] [-Nueva Zelanda ] [-acflen ]
[- [no] normalizar] [-P ] [-fitfn ]
[-comenzar ] [-ajuste final ]
DESCRIPCIÓN
GMX girar calcula el radio de giro de una molécula y los radios de giro alrededor
la x-, y- y z-ejes, en función del tiempo. Los átomos se ponderan explícitamente en masa.
Los componentes del eje corresponden a la raíz cuadrada media ponderada en masa de los radios
componentes ortogonales a cada eje, por ejemplo:
Rg (x) = sqrt ((suma_i m_i (R_i (y) ^ 2 + R_i (z) ^ 2)) / (suma_i m_i)).
Con el -nmol opción, el radio de giro se calculará para múltiples moléculas mediante
dividir el grupo de análisis en partes del mismo tamaño.
Con la opcion -Nueva Zelanda Radios de giro 2D en el xy plano de rodajas a lo largo del z-ejes son
calculado.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (gira.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-acf [<.xvg>] (moi-acf.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-nmol (1)
El número de moléculas a analizar.
- [no] q (no)
Utilice el valor absoluto de la carga de un átomo como factor de ponderación en lugar de la masa.
- [no] p (no)
Calcule los radios de giro alrededor de los ejes principales.
- [no] moi (no)
Calcule los momentos de inercia (definidos por los ejes principales).
-Nueva Zelanda (0)
Calcule los radios de giro 2D de este número de cortes a lo largo del eje z
-acflen (-1)
Longitud del ACF, el valor predeterminado es la mitad del número de fotogramas.
- [no] normalizar (si)
Normalizar ACF
-P (0)
Orden del polinomio de Legendre para ACF (0 indica ninguno): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Ninguno)
Función de ajuste: ninguna, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-comenzar (0)
Momento donde comenzar el ajuste exponencial de la función de correlación
-ajuste final (-1)
Tiempo en el que finalizar el ajuste exponencial de la función de correlación, -1 es hasta que
final
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