Este es el comando gmx-nmeig que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-nmeig - Diagonalizar el hessian para análisis en modo normal
SINOPSIS
gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-de [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-hueso [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-xvg ] [- [no] m] [-primero ] [-último ]
[-maxspec ] [-T ] [- [no] constr] [-anchura ]
DESCRIPCIÓN
GMX nmeig calcula los autovectores / valores de una matriz (hessiana), que puede ser
calculado con GMX mdrun. Los vectores propios se escriben en un archivo de trayectoria (-v). La
La estructura se escribe primero con t = 0. Los vectores propios se escriben como marcos con el
número de vector propio como marca de tiempo. Los autovectores se pueden analizar con GMX Anaeig. Un
conjunto de estructuras se puede generar a partir de los autovectores con GMX hombres. Cuando misa
se utiliza la ponderación, los vectores propios generados se reducirán a cartesianos simples
coordenadas antes de generar la salida. En este caso, ya no serán exactamente
ortogonal en la norma cartesiana estándar, pero en la norma ponderada en masa lo serían.
Este programa se puede utilizar opcionalmente para calcular correcciones cuánticas a la capacidad calorífica y
entalpía al proporcionar un argumento de archivo adicional -qcorr. Consulte el manual de GROMACS, Capítulo 1,
para detalles. El resultado incluye restar un grado armónico de libertad en el dado
temperatura. La corrección total se imprime en la pantalla del terminal. La forma recomendada
de sacar las correcciones es:
GMX nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -primero 7 -último 10000 -T 300 -qc [-construcción]
La sección -construcción La opción debe usarse cuando se usaron restricciones de enlace durante la simulación
para que todas el covalente bonos. Si este no es el caso, debe analizar el
quant_corr.xvg archívate tú mismo.
Para hacer las cosas más flexibles, el programa también puede tener en cuenta los sitios virtuales cuando
Computación de correcciones cuánticas. Al seleccionar -construcción y -qc, -empezar y -final opciones
también se configurará automáticamente. Nuevamente, si cree que lo conoce mejor, marque
el frecuencia propia.xvg salida.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.mtx>] (arpillera.mtx)
matriz Hessiana
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
Opciones para especificar archivos de salida:
-de [<.xvg>] (frecuencia propia.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-ol [<.xvg>] (valor propio.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-hueso [<.xvg>] (espectro.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-qc [<.xvg>] (cuanto_corr.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng
Otras opciones
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] m (si)
Divida los elementos de arpillera por producto de sqrt(masa) de átomos involucrados antes de
diagonalización. Esto debe usarse para el análisis de 'Modos normales'
-primero (1)
Primer vector propio en descartar
-último (50)
Último vector propio para descartar
-maxspec (4000)
Frecuencia más alta (1 / cm) a considerar en el espectro
-T (298.15)
Temperatura para calcular la capacidad calorífica cuántica y la entalpía cuando se usa el modo normal
cálculos para corregir simulaciones clásicas
- [no] constr (no)
Si se usaron restricciones en la simulación pero no en el análisis de modo normal
(esta es la forma recomendada de hacerlo) tendrá que configurar esto para la computación
las correcciones cuánticas.
-anchura (1)
Ancho (sigma) de los picos gaussianos (1 / cm) al generar un espectro
Use gmx-nmeig en línea usando los servicios de onworks.net