Este es el comando gmx-tcaf que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-tcaf - Calcular viscosidades de líquidos
SINOPSIS
gmx tcaf[-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-Antiguo Testamento [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-de [<.xvg>]]
[-jefe [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [- [no] mol] [- [no] k34]
[-peso ] [-acflen ] [- [no] normalizar] [-P ]
[-fitfn ] [-comenzar ] [-ajuste final ]
DESCRIPCIÓN
GMX tcaf calcula las autocorrelaciones de corrientes transversales. Estos se utilizan para estimar el
viscosidad de cizallamiento, eta. Para obtener más información, consulte: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) págs. 359-366.
Las corrientes transversales se calculan utilizando los k-vectores (1,0,0) y (2,0,0) cada uno también en
las y- y z-dirección, (1,1,0) y (1, -1,0) cada uno también en los otros 2 planos (estos
los vectores no son independientes) y (1,1,1) y las otras 3 diagonales de caja (tampoco
independiente). Para cada vector k se utilizan el seno y el coseno, en combinación con el
velocidad en 2 direcciones perpendiculares. Esto da un total de 16 * 2 * 2 = 64 transversales
corrientes. Se calcula una autocorrelación ajustada para cada vector k, lo que da 16
TCAF. Cada uno de estos TCAF se ajusta af (t) = exp (-v) (cosh (Wv) + 1 / W sinh (Wv)), v = -t / (2
tau), W = sqrt (1 - 4 tau eta / rho k ^ 2), lo que da 16 valores de tau y eta. El ajuste
los pesos decaen exponencialmente con la constante de tiempo w (dada con -peso) como exp (-t / w), y el
El TCAF y el ajuste se calculan hasta el tiempo 5 * w. Los valores de eta deben ajustarse a 1 - a
eta (k) k ^ 2, a partir de la cual se puede estimar la viscosidad de corte en k = 0.
Cuando la caja es cúbica, se puede utilizar la opción -jefe, que promedia los TCAF sobre todos
k-vectores con la misma longitud. Esto da como resultado TCAF más precisos. Tanto el cúbico
Los TCAF y los ajustes están escritos en -jefe Las estimaciones de eta cúbica también se escriben en -ov.
Con la opción -mol, la corriente transversal está determinada por moléculas en lugar de átomos. En
en este caso, el grupo de índice debería consistir en números de moléculas en lugar de números de átomos.
Las viscosidades dependientes de k en el -ov el archivo debe ajustarse a eta (k) = eta_0 (1 - ak ^ 2)
para obtener la viscosidad a una longitud de onda infinita.
Nota: asegúrese de escribir coordenadas y velocidades con la suficiente frecuencia. La inicial,
no exponencial, parte de la función de autocorrelación es muy importante para obtener una
buen ajuste.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-Antiguo Testamento [<.xvg>] (transcur.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-de [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-jefe [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] mol (no)
Calcular TCAF de moléculas
- [no] k34 (no)
También use k = (3,0,0) y k = (4,0,0)
-peso (5)
Tiempo de caída exponencial para los pesos de ajuste de TCAF
-acflen (-1)
Longitud del ACF, el valor predeterminado es la mitad del número de fotogramas.
- [no] normalizar (si)
Normalizar ACF
-P (0)
Orden del polinomio de Legendre para ACF (0 indica ninguno): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Ninguno)
Función de ajuste: ninguna, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-comenzar (0)
Momento donde comenzar el ajuste exponencial de la función de correlación
-ajuste final (-1)
Tiempo en el que finalizar el ajuste exponencial de la función de correlación, -1 es hasta que
final
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