Este es el comando gmx-trjcat que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-trjcat - Concatenar archivos de trayectoria
SINOPSIS
gmx trjcat [-f [<.xtc / .trr / ...> [...]]] [-n [<.ndx>]] [-demux [<.xvg>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...> [...]]] [tu ] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[novela]
[- [no] settime] [- [no] ordenar] [- [no] keeplast]
[- [no] sobrescribir] [- [no] gato]
DESCRIPCIÓN
GMX trjcat concatena varios archivos de trayectoria de entrada en orden ordenado. En caso de doble
marcos de tiempo se utiliza el del archivo posterior. Especificando -fijar tiempo Te harán preguntas
para la hora de inicio de cada archivo. Los archivos de entrada se toman de la línea de comando, como
que un comando como GMX trjcat -f * .trr -o Fixed.trr debería hacer el truco. Utilizando -gato,
puede simplemente pegar varios archivos juntos sin eliminar marcos con el mismo tiempo
sellos
Se infiere una opción importante cuando el archivo de salida se encuentra entre los archivos de entrada. En eso
caso de que se agregue ese archivo en particular, lo que implica que no es necesario almacenar
duplicar la cantidad de datos. Obviamente, el archivo al que agregar debe ser el que tenga el menor
hora de inicio, ya que solo se puede agregar al final de un archivo.
Si -demux se da la opción, las N trayectorias que se leen, se escriben en otro
orden como se especifica en el .xvg archivo. los .xvg el archivo debe contener algo como:
0 0 1 2 3 4 5
2 1 0 2 3 5 4
El primer número es el tiempo y los números siguientes apuntan a índices de trayectoria. los
Los fotogramas correspondientes a los números presentes en la primera línea se recopilan en el
trayectoria de salida. Si el número de fotogramas en la trayectoria no coincide con el de la
.xvg archivo, entonces el programa intenta ser inteligente. Tener cuidado.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...> [...]] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
-demux [<.xvg>] (remd.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xtc / .trr / ...> [...]] (trajout.xtc)
Trayectoria: xtc trr gro g96 pdb tng
Otras opciones
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-b (-1)
Primera vez de uso (ps)
-e (-1)
Última vez para usar (ps)
-dt (0)
Solo escribir marco cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[novela (si)
Leer y escribir velocidades si es posible
- [no] settime (no)
Cambiar la hora de inicio de forma interactiva
- [no] ordenar (si)
Ordenar archivos de trayectoria (no fotogramas)
- [no] keeplast (no)
Mantenga los fotogramas superpuestos al final de la trayectoria
- [no] sobrescribir (no)
Sobrescribir fotogramas superpuestos durante la adición
- [no] gato (no)
No descarte marcos de tiempo dobles
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