hhblits - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

hhblits: método rápido de detección de homología para buscar iterativamente una base de datos HMM

SINOPSIS

hhblits -i pregunta [opciones]

DESCRIPCIÓN

HHblits versión 2.0.16 (enero de 2013): secuencia iterativa ultrarrápida basada en HMM-HMM
search HHblits es una herramienta de búsqueda de secuencia iterativa, sensible y de propósito general que
representa tanto las secuencias de consultas como las de bases de datos de los HMM. Puede buscar en las bases de datos de HHblits
comenzando con una secuencia de consulta única, una alineación de secuencia múltiple (MSA) o un HMM.
HHblits imprime una lista clasificada de HMM / MSA de base de datos y también puede generar una MSA por
fusionando los HMM / MSA importantes de la base de datos en la consulta MSA.

Remmert M., Biegert A., Hauser A. y Soding J. HHblits: iterativo ultrarrápido
búsqueda de secuencias de proteínas por alineación HMM-HMM. Nat. Métodos 9: 173-175 (2011) (C)
Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
entrada / consulta: secuencia única o alineación de secuencia múltiple (MSA) en a3m, a2m o
Formato FASTA o HMM en formato hhm

puede ser 'stdin' o 'stdout' en todo momento.

OPCIONES

-d
nombre de la base de datos (por ejemplo, uniprot20_29Feb2012) (predeterminado =)

-n [1,8] número de iteraciones (predeterminado = 2)

-e [0,1] Corte del valor E para su inclusión en la alineación de resultados (def = 0.001)

Entrada alineación formato:
-M a2m use A2M / A3M (predeterminado): mayúsculas = Coincidir; minúscula = Insertar;

'-' = Eliminar; '.' = espacios alineados con inserciones (se pueden omitir)

-M first
use FASTA: las columnas con residuo en la primera secuencia son estados coincidentes

-M [ 0,100 ]
use FASTA: las columnas con menos del X% de espacios son estados de coincidencia

Salida opciones:
-o
escribir resultados en formato estándar en el archivo (predeterminado = )

-oa3m
escribir el resultado MSA con coincidencias significativas en formato a3m

-opsi
escribir el resultado MSA de coincidencias significativas en formato PSI-BLAST

-ohhm
escribir el archivo HHM para el resultado MSA de coincidencias significativas

-oalis
escribir MSA en formato A3M después de cada iteración

-De como
escribir alineaciones por pares de coincidencias significativas en formato FASTA Análogo para
salida en formato a3m y a2m (p. ej. -Oa3m)

-qhm
escribir el archivo HHM de entrada de consulta de la última iteración (predeterminado = desactivado)

-sec
máx. número de secuencias de consulta / plantilla mostradas (predeterminado = 1)

-aliw
número de columnas por línea en la lista de alineación (predeterminado = 80)

-p [ 0,100 ]
probabilidad mínima en el resumen y la lista de alineación (predeterminado = 20)

-E [0, inf [
valor E máximo en la lista de resumen y alineación (predeterminado = 1E + 06)

-Z
número máximo de líneas en la lista de aciertos resumida (predeterminado = 500)

-z
número mínimo de líneas en la lista de aciertos resumida (predeterminado = 10)

-B
número máximo de alineaciones en la lista de alineación (predeterminado = 500)

-b
número mínimo de alineaciones en la lista de alineación (predeterminado = 10)

Opciones de prefiltro

-sinprefiltro
deshabilitar todos los pasos del filtro

-noaddfilter
deshabilitar todos los pasos del filtro (excepto el prefiltrado rápido)

-filtronodb
deshabilitar el filtrado adicional de HMM prefiltrados

-noblockfilter buscar matriz completa en Viterbi

-maxfilt
número máximo de visitas permitidas para pasar el segundo prefiltro (predeterminado = 2)

Opciones de filtro aplicadas para consultar MSA, MSA de base de datos y MSA de resultado

-todas mostrar todas las secuencias en el resultado MSA; no filtrar el resultado MSA

-carné de identidad [0,100] máxima identidad de secuencia por pares (def = 90)

-diferencia [0, inf [
filtrar MSA seleccionando el conjunto más diverso de secuencias, manteniendo al menos esta cantidad
seqs en cada bloque MSA de longitud 50 (def = 1000)

-cov [0,100] cobertura mínima con secuencia maestra (%) (def = 0)

-qid [0,100] identidad de secuencia mínima con secuencia maestra (%) (def = 0)

-qsc [0,100] puntuación mínima por columna con secuencia maestra (predeterminado = -20.0)

-neff [1, inf]
diversidad de destino de alineación de secuencia múltiple (predeterminado = desactivado)

HMM-HMM alineación opciones:
-norealizar
NO realinee los hits mostrados con el algoritmo MAC (def = realinear)

-macto [0,1 [
umbral de probabilidad posterior para la realineación MAC (def = 0.350) Controles de parámetros
codicia de alineación: 0: global> 0.1: local

-globo/ -loc
use el modo de alineación global / local para buscar / clasificar (def = local)

-realinear_max
realinear máx. hits (predeterminado = 1000)

-alta
presentarse ante tantas alineaciones alternativas significativas (def = 2)

-premerger unir hits para consultar MSA antes de alinear los hits restantes (def = 3)

-cambio [-uno]
compensación de puntuación de perfil-perfil (def = -0.03)

-ssm {0, .., 4}
0: sin puntuación ss 1,2: puntuación ss después o durante la alineación [predeterminado = 2] 3,4: ss
puntuación después o durante la alineación, predicho vs. predicho

-ssw [ 0,1 ]
peso de la puntuación ss (def = 0.11)

Gap cost opciones:
-gapb [0, inf [
Adición de pseudocontento de transición (def = 1.00)

-brecha [0, inf [
Adición de pseudocontento de transición para espacio abierto (predeterminado = 0.15)

-mirar boquiabierto [ 0,1.5 ]
Adición de pseudocontento de transición para ampliar el espacio (def = 1.00)

-brecha ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización de apertura de espacio para eliminaciones (def = 0.60)

-brecha ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización por apertura de espacio para inserciones (def = 0.60)

-brecha ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización de extensión de la brecha para eliminaciones (def = 0.60)

-gapi ] 0, inf]
factor para aumentar / reducir la penalización de extensión de espacio para inserciones (def = 0.60)

-egq [0, inf [penalización (bits) para los espacios finales alineados con los residuos de la consulta (def = 0.00)

-egt [0, inf [penalización (bits) para los espacios finales alineados con los residuos de la plantilla (def = 0.00)

Pseudocuenta (ordenador personal) opciones:
-pcm {0, .., 2}
dependencia de la posición del aditivo de pc 'tau' (modo pc, predeterminado = 2) 0: sin pseudo recuentos:
tau = 0 1: constante tau = a 2: dependiente de la diversidad: tau = a / (1 +
((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: número de secuencias efectivas en MSA local alrededor de la columna i)

-pca [0,1] mezcla de pseudocontento general (def = 1.0)

-tarjeta de circuito impreso [1, inf [Valor umbral neff para -pcm 2 (def = 1.5)

-pcc [0,3] exponente de extinción c para -pcm 2 (def = 1.0)

-pre_pca [ 0,1 ]
Adición de pseudocontento PREFILTER (def = 0.8)

-pre_pcb [1, inf [PREFILTER umbral para Neff (def = 1.8)

Específico del contexto pseudo-recuentos:
-sin contexto
usar matriz de sustitución en lugar de pseudocontentos específicos del contexto

-contexto archivo de contexto para calcular pseudocontentos específicos del contexto
(predeterminado =. / data / context_data.lib)

-cslib
archivo de estado de columna para un filtrado previo rápido de la base de datos (predeterminado =. / data / cs219.lib)

Predecir la estructura secundaria

-agregar agregue la estructura secundaria prevista con PSIPRED para dar como resultado MSA

-psipres directorio con ejecutables PSIPRED (predeterminado =)

-psipred_data
directorio con datos PSIPRED (predeterminado =)

Otros opciones:
-v
modo detallado: 0: sin salida de pantalla 1: solo advertencias 2: detallado (def = 2)

-neffmax ] 1,20] omitir más iteraciones de búsqueda cuando la diversidad Neff de la consulta MSA

se vuelve más grande que neffmax (predeterminado = 10.0)

-UPC
número de CPU a utilizar (para SMP de memoria compartida) (predeterminado = 2)

-puntuaciones escribir puntajes para todas las comparaciones por pares en el archivo

-una pestaña escribir todas las alineaciones en formato tabular en el archivo

-maxres
número máximo de columnas HMM (def = 15002)

-maxmem [1, inf [memoria máxima disponible en GB (def = 3.0)

EJEMPLOS

hhblits -i consulta.fas -o consulta.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i consulta.fas -o consulta.hhr -oa3m consulta.a3m -n 1 -d ./uniprot20

Descargar bases de datos deftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

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