Este es el comando loadPulses que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
loadPulses: carga de información de pulsos de secuenciación
SINOPSIS
pulsos de carga basFileName cmpNombreArchivo [opciones]
DESCRIPCIÓN
pulsos de carga carga información de pulsos de secuenciación, como la distancia entre pulsos o la calidad
información en el archivo cmp.h5. Esto permite analizar cinética y calidad.
información por columna de alineación.
CAMPUS
basFileName
La entrada {bas, pls} .h5 o input.fofn.
cmpNombreArchivo
El archivo cmp.h5 para cargar información de pulsos.
-métrica propuesta de
Una lista de métricas separadas por comas (sin espacios).
Las opciones válidas son:
Cuando se inició, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
Etiqueta de sustitución, sustitución QV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
AnchoInFrames, Luz, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
Las opciones predeterminadas son:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
Salga si falta algún campo de datos en la entrada bas.h5 o pls.h5 que esté
necesario para cargar una métrica. Defualt es una advertencia.
-por leer
Cargue la información de pulso por lectura en lugar de almacenar en búfer las métricas.
-bymétrico
Cargue la información de pulso por métrica en lugar de por lectura. Esto usa más memoria que
-por leer, pero puede ser más rápido.
-maxElementos propuesta de
Establezca un límite en el tamaño del archivo pls / bas para almacenar en búfer -bymétrico (valor por defecto:
máximo int). Usar -por leer si se excede el límite.
-maxMemoria propuesta de
Establezca un límite (en GB) en la memoria para almacenar datos con -bymétrico (valor predeterminado: 4
GB). Usar -por leer si se excede el límite.
-metaNElementos propuesta de
Establezca el número de elementos en la caché de metadatos para leer el archivo bas / bax / pls.h5.
-elementos crudospropuesta de
Establezca el número de elementos en la caché de datos sin procesar para leer el archivo bas / bax / pls.h5.
-rawChunkTamaño propuesta de
Establezca el tamaño del fragmento de la caché de datos sin procesar para leer el archivo bas / bax / pls.h5.
Use loadPulses en línea usando los servicios de onworks.net