Este es el comando mipe2dbSTS que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
mipe2dbSTS.pl: genera un archivo de entrada para enviarlo a dbSTS
incluido en la salida: sección STS del envío dbSTS
basado en MIPE versión v1.1
argumentos: * mipe_file
* archivo de configuración
* (opcional) lista de ID de PCR
El archivo de configuración consta de líneas que contienen una clave y un valor, separados por un signo igual ('=').
La clave consiste en el nombre en minúsculas del archivo de envío del NCBI (consulte el sitio web dbSTS), seguido de
un guión bajo y el nombre del campo en minúsculas en ese archivo.
Los siguientes campos deben definirse en el archivo de configuración:
pub_title =
pub_authors =
source_name =
organismo_origen =
cont_name =
cont_fax =
cont_tel =
cont_email =
cont_lab =
cont_inst =
cont_addr =
nombre_protocolo =
protocolo_protocolo =
buffer_name =
buffer_buffer =
sts_pcr_profile =
Para protocol_protocol, buffer_buffer y sts_pcr_profile, se necesitan más líneas (ver ejemplo).
Un ejemplo de un archivo de configuración tiene este aspecto:
pub_title = Mapeo genético de SNP de pollo
pub_authors = Aerts, JA; Veenendaal, T .; Crooijmans, RPMA; Groenen, MAM
source_name = ADN genómico de pollo
source_organism = Gallus gallus
cont_name = Jan Aerts
cont_fax = + 31 317 483929
cont_tel = + 31 317 483397
cont_email =jan.aerts@wur.nl
cont_lab = Grupo de Genómica y Cría Animal
cont_inst = Universidad de Wageningen
cont_addr = PO Box 338, 6700 AH Wageningen, Países Bajos
protocol_name = Protocol_Aerts
protocol_protocol = Plantilla: 30-60 ng
protocol_protocol = Primer: cada 4 uM
protocol_protocol = dNTPs: cada 200 uM
protocol_protocol = Taq: 0.3 unidades
protocol_protocol = Volumen: 12 ul
buffer_name = Buffer_Aerts
buffer_buffer = MgCl2: 1.5 mM
buffer_buffer = (NH4) 2SO4: 20 mM
buffer_buffer = Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer = Tween 20: 0.01% (p / v)
buffer_buffer = pH: 8.8
Use mipe2dbSTS en línea usando los servicios de onworks.net