Este es el comando miraconvert que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
miraconvert: convierte tipos de archivos de ensamblaje y secuenciación
SINOPSIS
miraconvertir [-F ] [-t [-t ...]] [-aAChimMsuZ]
[-cflnNoPqrtvxXyYz {...}] {infile} {outfile} [ ...]
OPCIONES
-f
cargue este tipo de archivos de proyecto, donde fromtype es:
caf un ensamblaje completo o secuencias individuales de CAF
maf un ensamblaje completo o secuencias individuales de CAF
rápido secuencias de un archivo FASTA
rapido secuencias de un archivo FASTQ
gb [f | k | ff] secuencias de un archivo GenBank
Doctor en Filosofía secuencias de un archivo PHD
fonnexp secuencias en archivos EXP del archivo de nombres de archivo
-t
escribir las secuencias / ensamblaje a este tipo (múltiples menciones de -t están permitidos):
as secuencias o ensamblaje completo a ACE
caf secuencias o montaje completo a CAF
maf secuencias o ensamblaje completo a MAF
sam montaje completo a SAM
sambb como arriba, pero dejando fuera la referencia (backbones) en los ensamblajes de mapeo
gb [f | k | ff] secuencias o consenso a GenBank
gff3 consenso a GFF3
peluca información de cobertura de ensamblaje para mover el archivo
gcwig información de contenido de gc de ensamblaje para mover el archivo
rápido secuencias o consenso al archivo FASTA (calidades a .qual)
rapido secuencias o consenso al archivo FASTQ
exp secuencias o ensamblaje completo a archivos EXP en directorios. Montajes completos
son adecuados para la importación de gap4 como montaje dirigido. Nota: uso de caf2gap para importar
en gap4 aunque se recomienda
texto ensamblaje completo a la alineación del texto (solo cuando -f is caf, maf or GBF)
html ensamblaje completo a HTML (solo cuando -f is caf, maf or GBF)
tcs montaje completo a tcs
hsnp entorno de las etiquetas SNP (SROc, SAOc, SIOc) a HTML (solo cuando -f is caf, maf
or GBF)
asnp análisis de etiquetas SNP (solo cuando -f is caf, maf or GBF)
estadísticas archivo de estadísticas de contig como de MIRA (solo cuando la fuente contiene contigs)
crlista archivo de lista de lectura contig como de MIRA (solo cuando la fuente contiene contigs)
enmascarado lee donde el vector de secuenciación está enmascarado (con X) en el archivo FASTA
(cualidades para igualar)
scaf secuencias o ensamblaje completo a secuencias individuales CAF
-a Agregar a los archivos de destino en lugar de reescribir
-A No ajustar caso de secuencia
Al leer formatos que definen puntos de recorte y guardar en formatos que no
no tiene información de recorte, miraconvert normalmente ajusta el caso de lectura
secuencias: minúsculas para partes recortadas, mayúsculas para partes no recortadas de lecturas.
Use -A si no quieres esto. Ver también -C.
Se aplica solo a archivos / formatos que no contienen contigs.
-b Datos ciegos
Reemplaza todas las bases en lecturas / contigs con una 'c'
-C Realice un clip duro para leer
Al leer formatos que definen puntos de recorte, solo se guardarán los
parte en el archivo de resultados.
Se aplica solo a archivos / formatos que no contienen contigs.
-d Eliminar columnas de solo espacios
Cuando la salida es contigs: elimine las columnas que son completamente vacíos (como después de haber
lecturas eliminadas durante la edición en gap4 o similar)
Cuando se lee la salida: elimine los espacios en las lecturas
-F Filtrar grupos de lectura a diferentes archivos
Funciona solo para archivos de entrada con grupos de lectura (CAF / MAF) 3 (o 4) archivos generados: uno
o dos para las lecturas emparejadas, una para las no emparejadas y otra para las lecturas de escombros.
Las lecturas en archivos emparejados están entrelazadas de forma predeterminada, utilice -F dos veces para crear separados
archivos.
-m Hacer contigs (solo para -t = caf or maf)
Encase las lecturas individuales como contig singlets en el archivo CAF / MAF.
-n
cuando se proporciona, selecciona solo lecturas o contigs dadas por nombre en ese archivo.
-N
como uno -n, pero ordena la salida según el orden dado en el archivo.
-i when -n se utiliza, invierte la selección
-o t
Offset de calidad FASTQ (solo para -f = 'fastq')
Compensación de valores de calidad en archivo FASTQ. El valor predeterminado de 33 cargas estilo Sanger / Phred
archivos, utilizando 0 intenta reconocer automáticamente.
-P
Cadena con parámetros MIRA para analizar
Útil cuando se establecen parámetros que afectan a llamadas de consenso como -CO: mrpg, etc.
P.ej: -P "454_SETTINGS -CO: mrpg = 3 "
-q
Establezca la calidad predeterminada para las bases en los tipos de archivo sin valores de calidad. Además, haz
no se detiene si faltan archivos de calidad esperada (por ejemplo, '.fasta')
-R
Cambiar el nombre de contigs / singlets / reads con la cadena de nombre de pila a la que se le asigna un contador
adjunto.
Error conocido: creará nombres duplicados si la entrada también contiene contigs / singlets
como lecturas libres, es decir, no se lee en contigs ni singlets.
-S
(nombre) Esquema para cambiar el nombre de las lecturas, importante para los extremos emparejados. Solo 'solexa' es
actualmente soportado.
-T Al convertir lecturas individuales, recorte / recorte tramos de N y X y extremos de
lee. Nota: recuerde usar -C para realizar también un clip duro (por ejemplo, con FASTA como
producción).
-v Imprime el número de versión y sal
-Y
Producir. Bases máximas (recortadas / acolchadas) para convertir.
Cuando se usa en lecturas: la salida contendrá las primeras lecturas del archivo donde la longitud del recorte
bases totales al menos -Y. Cuando se usa en contigs: la salida contendrá los primeros contigs
del archivo donde la longitud de los contigs acolchados totaliza al menos -Y.
Los siguientes interruptores funcionan solo cuando la entrada (CAF o MAF) contiene contigs. Cuidado: CAF y
MAf también puede contener solo lecturas.
-M No extraiga contigs (o su consenso), pero la secuencia de las lecturas son
compuesto de.
-r [cCqf]
Vuelva a calcular el consenso y / o los valores de calidad del consenso y / o las etiquetas de características de SNP.
'cCalidades recalc contras y contras (con IUPAC)
'C'recalc cualidades contras y contras (forzando no IUPAC)
'q'recalcar solo las cualidades de consenso
'f'recalc las funciones de SNP
Nota: solo el último de ccq es relevante, f funciona como un interruptor y se puede combinar
con cqq (p.ej "-r C -r f")
Nota: si el CAF / MAF contiene múltiples cepas, recálculo de contras y contras
las cualidades son forzadas, usted puede simplemente influir en si se utilizan o no las IUPAC.
-s dividir la salida en varios archivos en lugar de crear un solo archivo
-u 'Rellenar genomas de cepas'
Rellene los huecos en el genoma de una cepa (N o @) con la secuencia de un consenso de
otras cepas
Tiene efecto solo con -r y -t gbf o fasta / q en FASTA / Q: las bases llenas están en
minúsculas en GBF: las bases llenas están en mayúsculas
-Q
Define la calidad mínima que debe tener una base de consenso de una cepa, bases de consenso
debajo de esto será 'N' Predeterminado: 0
Solo se usa con -r y -f es caf / maf y -t es (fasta o gbf)
-V
Define la cobertura mínima que debe tener una base de consenso de una cepa, bases con
la cobertura por debajo de esto será 'N' Predeterminado: 0
Solo se usa con -r y -t es (fasta o gbf)
-x
Longitud mínima de lectura contig o sin recortar
Al cargar, descarte todos los contigs / read con una longitud menor que este valor.
Predeterminado: 0 (= apagado)
Nota: ¡no se aplica a lecturas en contigs!
-X
Similar a -x pero se aplica solo a las lecturas y luego a la longitud recortada.
-y
Cobertura de contig promedio mínimo Al cargar, deseche todos los contigs con un promedio
cobertura menor que este valor. Predeterminado: 1
-z
Número mínimo de lecturas en contig Al cargar, descarte todos los contigs con un número
de lee menos que este valor. Predeterminado: 0 (= apagado)
-l
cuando se envía como texto o HTML: número de bases que se muestran en una línea de alineación. Defecto:
60.
-c
cuando se envía como texto o HTML: carácter utilizado para rellenar los espacios finales. Predeterminado: '' (en blanco)
EJEMPLOS
miraconvert fuente.maf dest.sam
miraconvert source.caf dest.fasta peluca ace
miraconvert -x 2000 -y 10 fuente.caf dest.caf
miraconvert -x 40 -C -F -F fuente.maf .fastq
miraconvert: ¡Falta el nombre de archivo y el nombre de base como argumentos!
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