mkdssp: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mkdssp: calcula la estructura secundaria de las proteínas en un archivo PDB

SINOPSIS

mkdssp [OPCIÓN] pdbfile [dsspfile]

DESCRIPCIÓN

La mkdssp El programa fue diseñado originalmente por Wolfgang Kabsch y Chris Sander para
estandarizar la asignación de estructuras secundarias. DSSP es una base de datos de estructura secundaria
asignaciones (y mucho más) para todas las entradas de proteínas en el Protein Data Bank (PDB) y
mkdssp es la aplicación que calcula las entradas DSSP a partir de entradas PDB. tenga en cuenta
esa mkdssp sí no predecir estructura secundaria.

CAMPUS

Si invocas mkdssp con un solo parámetro, se interpretará como el archivo PDB para
El proceso y la salida se enviarán a stdout. Si se especifica un segundo parámetro, este es
interpretado como el nombre del archivo DSSP a crear. Tanto el archivo de entrada como el de salida
los nombres pueden tener .gz o .bz2 como extensión, lo que da como resultado la compresión adecuada.

-i, --aporte nombre de archivo
El nombre de archivo de un AP archivo formateado que contiene los datos de la estructura de la proteína. Esta
El archivo puede ser un archivo comprimido con gzip o bzip2.

-o, --producción nombre de archivo
El nombre de archivo de un DSSP archivo para crear. Si el nombre del archivo termina en .gz o .bz2,
Se crea el archivo comprimido.

-v, --verboso
Escriba la información de diagnóstico.

--versión
Imprima el número de versión y salga.

-h, --ayuda
Imprima el mensaje de ayuda y salga. El directorio que contiene los scripts del analizador para
señora.

TEORÍA

El programa DSSP funciona calculando la asignación de estructura secundaria más probable dada
la estructura 3D de una proteína. Lo hace leyendo la posición de los átomos en un
proteína (los registros ATOM en un archivo PDB) seguido del cálculo de la energía del enlace H
entre todos los átomos. Los dos mejores enlaces H para cada átomo se utilizan luego para determinar la mayor
clase probable de estructura secundaria para cada residuo en la proteína.

Esto significa que necesita tener una estructura 3D completa y válida para que una proteína pueda
calcular la estructura secundaria. No hay magia en DSSP, por lo que, por ejemplo, no puede adivinar el
estructura secundaria para una proteína mutada para la que no tienes la estructura 3D.

DSSP ARCHIVO FORMATO

La parte del encabezado de cada archivo DSSP es autoexplicativa, contiene parte de la información
copiado del archivo PDB y hay algunas estadísticas recopiladas al calcular el
estructura secundaria.

La segunda mitad del archivo contiene la información de estructura secundaria calculada por
residuo. Lo que sigue es una breve explicación de cada columna.

Columna Nombre Descripción
────────────────────────────────────────────────── ─────────────────────────────────────────
# El número de residuo contado por mkdssp
RESIDUO El número de residuo especificado por el archivo PDB
seguido de un identificador de cadena.

AA El código de una letra para el aminoácido. Si esto
La letra es minúscula, esto significa que es una
cisteína que forman un puente de azufre con el
otro aminoácido en esta columna con el mismo
letra minúscula.
ESTRUCTURA Esta es una columna compleja que contiene múltiples sub
columnas. La primera columna contiene una letra
indicando la estructura secundaria asignada a
este residuo. Los valores válidos son:
Código Descripción
H hélice alfa
Puente B Beta
hilo E
Hélice G-3
Yo hélice-5
giro en t
Curva en S
Lo que sigue son tres columnas que indican
cada uno de los tres tipos de hélice (3, 4 y 5)
si este residuo es un candidato en la formación
esta hélice. A > carácter indica que comienza un
hélice, un número indica que está dentro de tal
hélice y una < carácter significa que termina la hélice.
La siguiente columna contiene un carácter S si este
el residuo es una posible curvatura.
Luego hay una columna que indica la quiralidad
y esto puede ser positivo o negativo
(es decir, la torsión alfa es positiva o
negativo).
Las dos últimas columnas contienen etiquetas de puente beta.
Minúscula aquí significa puente paralelo y por lo tanto
mayúscula significa anti paralelo.
BP1 y BP2 El primer y segundo par de puentes candidatos, este
va seguido de una letra que indica la hoja.
ACC La accesibilidad de este residuo, esta es la
área de superficie expresada en Ångstrom cuadrado que
se puede acceder mediante una molécula de agua.
NH -> O..O -> HN Cuatro columnas, dan para cada residuo la
Energía de enlace H con otro residuo donde el
el residuo actual es aceptor o donante.
Cada columna contiene dos números, el primero es
un desplazamiento del residuo actual al
residuo de socio en este enlace H (en DSSP
numeración), el segundo número es el calculado
energía para este enlace H.
TCO El coseno del ángulo entre C = O del
residuo actual y C = O del residuo anterior. Para
hélices alfa, el TCO está cerca de +1, para hojas beta
El TCO está cerca de -1. No se utiliza para estructura
definición.
Kappa El ángulo de enlace virtual (ángulo de plegado) definido por
los tres átomos C-alfa de la corriente de residuos
- 2, actual y actual + 2. Se usa para definir
curva (código de estructura 'S').
Ángulos de torsión de la columna vertebral del péptido IUPAC PHI y PSI.
X-CA, Y-CA y Z-CA Las coordenadas C-alfa

HISTORIA

La aplicación DSSP original fue escrita por Wolfgang Kabsch y Chris Sander en Pascal.
Esta versión es una reescritura completa en C ++ basada en el código fuente original. Algunos errores
se han corregido desde entonces y los algoritmos se han modificado aquí y allá.

TODO

El código necesita desesperadamente una actualización. Lo primero que debe implementarse es el
reconocimiento mejorado de pi-hélices. Una segunda mejora sería el uso de ángulos dependientes
Cálculo de la energía del enlace H.

Utilice mkdssp en línea utilizando los servicios de onworks.net