pdb2pqr: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

pdb2pqr: genera archivos PQR para usar en cálculos electrostáticos

SINOPSIS

pdb2pqr [--nodebump] [--nooptar] [--cadena] [--solo asignación] [--limpio] [--ffout =nombre ]
[--with-ph =ph] [--apbs-entrada] [--ligand =camino] [[--verboso] | [-v]] --ff =campo de fuerza
camino ruta de salida

pdb2pqr {--ayuda | -h}

DESCRIPCIÓN

pdb2pqr Automatiza muchas de las tareas comunes de preparar estructuras para el continuo.
cálculos electrostáticos, que proporcionan una utilidad para convertir archivos de proteínas en PDB
formato (camino) al formato PQR (ruta de salida). Estas tareas incluyen:

· Adición de un número limitado de átomos pesados ​​faltantes a estructuras biomoleculares

· Determinación de pKas de cadena lateral

· Colocación de hidrógenos faltantes

· Optimización de la proteína para un enlace de hidrógeno favorable

· Asignación de parámetros de radio y carga de una variedad de campos de fuerza

OPCIONES

pdb2pqr acepta las siguientes opciones:

--ff =campo de fuerza
La sección campo de fuerza usar. Los valores actuales son ámbar, encanto, analizar gramaticalmente y til06.

--ayuda, -h
Imprima un mensaje de ayuda y salga.

--nodebump
No realice la operación de depuración.

--nooptar
No realice optimización de hidrógeno.

--cadena
Mantenga el ID de la cadena en el archivo PQR de salida.

--solo asignación
Solo asigna cargos para agregar átomos, depurar u optimizar.

--limpio
No realice optimización, adición de átomos o asignación de parámetros, solo devuelva el original
Archivo PDB en formato alineado.

--ffout =nombre
En lugar de utilizar el esquema de nomenclatura canínico estándar para los nombres de átomos y residuos, utilice
los nombres del campo de fuerza dado.

--with-ph =ph
Use propka para calcular pKas y aplicarlos a la molécula dado el valor de pH. Real
Los resultados de PropKa se enviarán a ruta de salida.propka.

--apbs-entrada
Cree un archivo de entrada APBS basado en el archivo PQR generado. También crea un pepinillo de Python
para usar estos parámetros en otros programas.

--ligand =camino
Calcule los parámetros para el ligando en formato MOL2 en el camino. Pdb2pka debe
ser compilado.

--verboso, -v
Imprime información adicional en la pantalla.

AMPLIACIONES

Las extensiones agregan funcionalidad a PDB2PQR y se llaman pasando un parámetro a pdb2pqr.
Ponen sus resultados en archivos ubicados en ruta de salida.

Las siguientes extensiones pueden ser utilizadas por pdb2pqr:

--fi
Imprima el ángulo phi de la columna vertebral por residuo en ruta de salida.fi.

--psi
Imprima el ángulo psi de la columna vertebral por residuo en ruta de salida.fi.

--hbond
Imprima una lista de enlaces higrógenos para ruta de salida.hbond.

--chi
Imprima el ángulo chi de la columna vertebral por residuo en ruta de salida.chi.

--contacto
Imprima una lista de contactos para ruta de salida.estafa.

--hbondwhatif
Imprima una lista de enlaces de hidrógeno para ruta de salida.hbo.

--sal
Imprima una lista de puentes de sal para ruta de salida.sal.

--rama
Imprima los ángulos phi y psi por residuo en camino de salida.rama.

CITAR PDB2PQR

Por favor reconozca su uso de pdb2pqr citando:

Dolinsky TJ, Nielsen JE, McCammon JA, Baker NA. PDB2PQR: una tubería automatizada para el
configuración, ejecución y análisis de cálculos electrostáticos de Poisson-Boltzmann. Nucleico
Investigación de ácidos, 32, W665-W667 (2004).

Use pdb2pqr en línea usando los servicios de onworks.net