remape - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

reasignación: muestra los sitios de unión a enzimas de restricción en una secuencia de nucleótidos

SINOPSIS

remap -secuencia Seqall -marchivo archivo de datos -enzimas cadena -sitelen entero [-minutos entero]
[-cortes máximos entero] [-soltero booleano] [-desafilado booleano] [-pegajoso booleano]
[-ambigüedad booleano] [-plásmido booleano] [-metilación booleano] [-comercial booleano]
[-mesa lista] [-cuadro lista] -archivo de salida archivar [-lista de corte booleano]
[-formato plano booleano] [-límite booleano] -traducción booleano -marcha atrás booleano
-orfminsize entero -en mayúsculas distancia -destacar distancia -tres boletines booleano
-número booleano -anchura entero -largo entero -margen entero -nombre booleano
-descripción booleano -compensar entero -html booleano

remap -ayuda

DESCRIPCIÓN

remap es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“el software abierto europeo de biología molecular
Suite"). Es parte del comando "Display, Nucleic: Restriction, Nucleic: Translation"
grupo (s).

OPCIONES

Entrada .
-secuencia Seqall

-marchivo archivo de datos
Valor predeterminado: Emethylsites.dat

Requerido .
-enzimas cadena
El nombre 'todos' se lee en todos los nombres de enzimas de la base de datos REBASE. Puede especificar
enzimas dando sus nombres con comas entre entonces, como:
'HincII, hinfI, ppiI, hindiii'. El caso de los nombres no es importante. Puede especificar un
archivo de nombres de enzimas para leer dando el nombre del archivo que contiene la enzima
nombres con un carácter '@' delante, por ejemplo, '@ enz.list'. Líneas en blanco y
líneas que comienzan con un carácter de almohadilla o '!' se ignoran y todas las demás líneas son
concatenados junto con un carácter de coma ',' y luego tratados como la lista de
enzimas para buscar. Un ejemplo de un archivo de nombres de enzimas es:! mis enzimas HincII,
ppiII! otras enzimas hindiii HinfI PpiI Valor predeterminado: todos

-sitelen entero
Esto establece la longitud mínima del sitio de reconocimiento de la enzima de restricción. Cualquier enzima
con sitios más cortos que esto serán ignorados. Valor predeterminado: 4

Beneficios adicionales .
-minutos entero
Esto establece el número mínimo de cortes para cualquier enzima de restricción que será
considerado. Se ignorará cualquier enzima que corte menos veces que esto. Valor por defecto:
1

-cortes máximos entero
Esto establece el número máximo de cortes para cualquier enzima de restricción que será
considerado. Se ignorará cualquier enzima que corte más veces que esto. Valor por defecto:
2000000000

-soltero booleano
Si se establece, esto obliga a los valores de los calificadores mincuts y maxcuts a
ambos serán 1. Cualquier otro valor que pueda haber establecido será ignorado. Valor predeterminado: N

-desafilado booleano
Esto permite que las enzimas que cortan en la misma posición hacia adelante y hacia atrás
hebras a considerar. Valor predeterminado: Y

-pegajoso booleano
Esto permite que las enzimas que cortan en diferentes posiciones en el avance y retroceso
hebras, dejando un saliente, para ser considerado. Valor predeterminado: Y

-ambigüedad booleano
Esto permite que las enzimas que tienen uno o más códigos de ambigüedad 'N' en su patrón
a ser considerado Valor predeterminado: Y

-plásmido booleano
Si se establece, esto permite realizar búsquedas de sitios de reconocimiento de enzimas de restricción y
posiciones de corte que abarcan el final de la secuencia a considerar. Valor predeterminado: N

-metilación booleano
Si se establece, los sitios de reconocimiento de RE no coincidirán con las bases metiladas. Defecto
valor: N

-comercial booleano
Si se establece, solo se buscarán aquellas enzimas con un proveedor comercial
por. Este calificador se ignora si ha especificado una lista explícita de enzimas para
buscar, en lugar de buscar entre "todas" las enzimas en la base de datos REBASE. Eso
Se supone que, si está pidiendo una enzima explícita, probablemente sepa
de dónde obtenerlo y, por lo tanto, todos los nombres de enzimas que ha solicitado que se busquen,
y cual corte, se informará si tienen o no un proveedor comercial.
Valor predeterminado: Y

-mesa lista

-cuadro lista
Esto le permite especificar los fotogramas que se traducen. Si no está mostrando
cortar sitios en el sentido inverso, entonces las traducciones en sentido inverso no serán
se muestran incluso si ha solicitado los fotogramas 4, 5 o 6. De forma predeterminada, los seis fotogramas
se mostrará. Valor predeterminado: 6

Salida .
-archivo de salida archivar

-lista de corte booleano
Esto produce listas en la salida de las enzimas que cortan, las que cortan pero son
excluido porque ese corte menos veces que mincut o más veces que maxcut y esos
enzimas que no cortan. Valor predeterminado: Y

-formato plano booleano
Esto cambia el formato de salida a uno en el que el sitio de reconocimiento se indica mediante una fila
de caracteres '===' y el sitio de corte es señalado por un carácter '>' en el avance
sentido, o un '<' en la cadena de sentido inverso. Valor predeterminado: N

-límite booleano
Esto limita la notificación de enzimas a una sola enzima de cada grupo de
isosquizómeros. La enzima elegida para representar un grupo de isosquizómeros es el prototipo
indicado en el archivo de datos 'embossre.equ', que es creado por el programa
'rebaseextract'. Si prefiere que se utilicen diferentes prototipos, haga una copia de
embossre.equ en su directorio personal y edítelo. Si este valor se establece en falso, entonces
se informarán todas las enzimas de entrada. Es posible que desee establecer esto en falso si
están suministrando un conjunto explícito de enzimas en lugar de buscarlas en "todas". Defecto
valor: Y

-traducción booleano
Esto muestra las traducciones de 6 cuadros de la secuencia en la salida. Valor predeterminado: Y

-marcha atrás booleano
Esto muestra los sitios de corte y la traducción del sentido inverso. Valor predeterminado: Y

-orfminsize entero
Esto establece el tamaño mínimo de los marcos de lectura abiertos (ORF) para mostrar en el
traducciones. Todas las demás regiones de traducción se enmascaran cambiando los aminoácidos a
'-' caracteres.

-en mayúsculas distancia
Regiones para poner en mayúsculas. Si esto se deja en blanco, entonces se deja el caso de secuencia
solo. Un conjunto de regiones se especifica mediante un conjunto de pares de posiciones. Las posiciones son
enteros. Están separados por cualquier carácter no alfabético ni numérico. Ejemplos de region
las especificaciones son: 24-45, 56-78 1:45, 67 = 99; 765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-destacar distancia
Regiones para colorear si se formatea para HTML. Si se deja en blanco, entonces la secuencia es
dejado solo. Un conjunto de regiones se especifica mediante un conjunto de pares de posiciones. los
las posiciones son números enteros. Van seguidos de cualquier color de fuente HTML válido. Ejemplos de
Las especificaciones regionales son: 24-45 azul 56-78 naranja 1-100 verde 120-156 rojo Un archivo de
los rangos de color (un rango por línea) se pueden especificar como '@filename'.

-tres boletines booleano
Valor predeterminado: N

-número booleano
Valor predeterminado: N

-anchura entero
Valor predeterminado: 60

-largo entero

-margen entero
Valor predeterminado: 10

-nombre booleano
Establezca esto en falso si no desea mostrar el nombre de ID de la secuencia.
valor: Y

-descripción booleano
Establezca esto en falso si no desea mostrar la descripción de la secuencia.
Valor predeterminado: Y

-compensar entero
Valor predeterminado: 1

-html booleano
Valor predeterminado: N

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