Este es el repetidor de comandos que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
repeatoire - parte del paquete mauveAligner
DESCRIPCIÓN
Permitido opciones:
--permitido-redundante arg (= 1)
permitir alineaciones redundantes?
--cadena arg (= 1)
semillas en cadena?
--ampliar arg (= 1)
realizar una extensión con huecos en las cadenas?
--ventana arg (= -1)
tamaño de la ventana para usar durante la extensión con huecos
--gapopen arg (= 0)
penalización de hueco abierto
--gape extender arg (= 0)
penalización por extensión de hueco
--h arg (= 0.00800000038)
Transición a homólogo
--ayuda recibir mensaje de ayuda
--más alto archivo arg (= procrast.highest) que contiene la alineación con la puntuación más alta
por cada multiplicidad
--l arg (= 1)
longitud mínima de repetición
--grandes repeticiones arg (= 0)
optimizar para grandes repeticiones
--carga-sml arg (= 0)
intenta cargar el archivo SML existente?
--solo directo arg (= 0)
¿Solo procesa coincidencias de semillas en la misma hebra?
--sólo extendido arg (= 0)
solo generar coincidencias extendidas?
--producción arg
procrastAligner salida
- porcentaje arg (= 0)
mínimo de repetición de la familia% id
--novel-subconjuntos arg (= 0)
encontrar nuevas coincidencias de subconjunto?
--novel-match arg (= 1)
utilizar coincidencias novedosas encontradas durante la extensión con huecos?
--rmax arg (= 500)
multiplicidad de repetición máxima (número máximo de copias)
--rmin arg (= 2)
multiplicidad de repetición mínima (número mínimo de copias)
--semillas arg
archivo de salida semilla
--secuencia arg
Archivo de secuencia FastA
--pequeñas repeticiones arg (= 0)
optimizar para pequeñas repeticiones
--puntuar arg
salida con la puntuación correspondiente y la información de alineación
--sólido arg (= 0)
utilizar semillas sólidas / exactas?
--sp arg (= 0)
puntuación mínima de alineación de suma de pares
--tándem arg (= 1)
permitir repeticiones en tándem?
--dos golpes arg (= 0)
¿Requiere dos aciertos dentro de w para activar la extensión con huecos?
--tú arg (= 0.00100000005)
Transición a no relacionado
--unalinear arg (= 1)
secuencia no homóloga no alineada?
--w arg (= 0)
ancho máximo del espacio
--xmfa arg
Salida en formato XMFA
--xml arg
Salida en formato XML
--z arg (= 0)
peso de la semilla
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