Este es el comando xplor2gmx que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
xplor2gmx - Convierta las restricciones de distancia XPLOR al formato Gromacs
SINOPSIS
xplor2gmx (residuo compensar) entrada.pdb
DESCRIPCIÓN
xplor2gmx lee un archivo de entrada XPLOR con datos de restricción de distancia como a veces se encuentra en
la base de datos pdbhttp://www.pdb.org). A partir de este archivo de entrada, las restricciones diédricas deben ser
eliminado, de modo que solo queden las restricciones de distancia. El guión puede manejar ambiguos
restricciones. Convierte las restricciones de distancia al formato GROMACS.
Se debe proporcionar un archivo de restricciones (.dat) en STDIN y un archivo de salida adecuado (.itp)
enviado a STDOUT.
EJEMPLOS
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb <restraints.dat> disre.itp
CAMPUS
xplor2gmx requiere dos opciones de línea de comando: primero, el desplazamiento de residuo (entero); segundo,
el nombre de archivo .pdb. El archivo pdb debe tener números de átomo correctos.
Use xplor2gmx en línea usando los servicios de onworks.net