Este es el comando zalign que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
zalign - alineación local paralela de secuencias biológicas
SINOPSIS
zalign [-s puntuaciones] [-S split] [-H hblk] [-V vblk] archivo1 archivo2
DESCRIPCIÓN
zAlign es un alineador de secuencia local, especialmente diseñado para su uso con ADN biológico grande
secuencias, con más de 1Mbp (Millones de pares de bases). Utiliza el Smith-Waterman exacto
algoritmo con función de costo de brecha afín para realizar esta tarea.
General opciones:
-h muestra esta ayuda y salir
-s
especificar una lista de puntuaciones separadas por comas que se utilizará al calcular la alineación
matrices a lo largo del programa. La lista debe tener el formato
"-sMATCH, MISMATCH, GAP_OPEN, GAP_EXTENSION" (sin comillas), y se analiza en este
Orden PRECISA; no se permiten espacios entre valores. Si hay alguna no especificada
parámetros, estos se establecen en los valores predeterminados y se emite un mensaje de advertencia;
los parámetros excedentes se descartan
Fase 2 opciones:
-S
(sólo mpialign) número de partes en las que dividir la matriz de alineación; después de este
paso se aplica un modelo de bloque cíclico, subdividiendo cada parte por igual entre todos
nodos disponibles
-H
(solo mpialign) número de subdivisiones horizontales hechas por cada nodo a su
submatriz de alineación; dado que este valor define el ancho del bloque, una buena elección debería
Permitir que dos líneas de matriz completa se ajusten a las páginas de caché del procesador, mejorando el algoritmo
Rendimiento
-V
(solo mpialign) número de subdivisiones verticales realizadas por cada nodo a su alineación
submatriz; este valor afecta directamente a la cantidad de comunicación entre los entrenudos y es
ÚNICAMENTE se usa si 'dividir' se establece en 1; de lo contrario, se establece en el número de
nodos
Utilice zalign en línea utilizando los servicios de onworks.net