Esta es la aplicación de Linux llamada CIMS para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como CIMS.v1.0.5.tgz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada CIMS para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CAPTURAS DE PANTALLA:
CIMS para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN:
Este paquete incluye los scripts para detectar sitios de mutación inducida por entrecruzamiento (CIMS) reproducibles estadísticamente y sitios de truncamiento inducido por entrecruzamiento (CITS) a partir de datos de HITS-CLIP.Referencias:
Moore, M. *, Zhang, C. *, Gantman, EC, Mele, A., Darnell, JC, Darnell, RB 2014. Mapeo de interacciones de proteínas de unión de ARN convencionales y argonauta con ARN en resolución de un solo nucleótido utilizando HITS-CLIP y análisis CIMS. Nat Protocolos, 9: 263-293.
Zhang, C. †, Darnell, RB † 2011. Mapeo de interacciones proteína-ARN in vivo con resolución de un solo nucleótido a partir de datos HITS-CLIP. Nat. Biotecnología. 29: 607-614.
Caracteristicas
- Mapeo de lecturas CLIP sin procesar con el genoma de referencia (usando novoalign)
- Colapso de duplicados de PCR con diferentes modelos según la presencia de códigos de barras aleatorios
- Etiquetas CLIP de clúster para identificar clústeres y determinar las alturas de los picos
- Seguimiento de mutaciones (inserciones, eliminaciones y sustituciones) en etiquetas CLIP únicas
- Identificación de sitios robustos de mutación inducida por entrecruzamiento (CIMS)
- Identificación de sitios de truncamiento inducido por enlaces cruzados robustos (CITS) de BrdU-CLIP, iCLIP u otras variaciones similares
Audiencia
Usuarios finales avanzados
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Perl
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.