This is the Linux app named clusterProfiler whose latest release can be downloaded as clusterProfilersourcecode.tar.gz. It can be run online in the free hosting provider OnWorks for workstations.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada clusterProfiler con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CAPTURAS DE PANTALLA:
Perfilador de clúster
DESCRIPCIÓN:
clusterProfiler es un paquete de R/Bioconductor que proporciona un flujo de trabajo unificado para el análisis de enriquecimiento funcional, lo que permite interpretar resultados ómicos de alto rendimiento. Admite tanto el análisis de sobrerrepresentación como el análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes, lo que permite trabajar con listas de genes sin clasificar o estadísticas clasificadas de pipelines diferenciales. El paquete se conecta a múltiples bases de conocimiento, como Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH y otras, a través de una interfaz consistente, lo que permite consultar diferentes perspectivas biológicas sin reescribir el código. Está diseñado para ofrecer amplitud, abarcando características codificantes y no codificantes, así como miles de organismos, mediante anotaciones actualizadas continuamente. Los resultados se devuelven en estructuras ordenadas y fáciles de manipular, y se integran de forma natural con funciones de visualización avanzadas (mediante herramientas complementarias) para resumir vías, términos y relaciones entre conjuntos de genes.
Caracteristicas
- Flujos de trabajo unificados de ORA y GSEA en múltiples fuentes de anotación
- Amplio soporte de especies mediante anotaciones genéticas actualizadas
- Salidas ordenadas que se integran perfectamente con las canalizaciones de datos R posteriores
- Visualización integrada de los resultados de enriquecimiento mediante herramientas de gráficos complementarias
- Utilidades de comparación de múltiples grupos (por ejemplo, compareCluster) para el análisis de condiciones cruzadas
- Viñetas detalladas y manuales para estudios de enriquecimiento reproducibles de principio a fin
Lenguaje de programación
R
Categorías
Esta aplicación también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. Está alojada en OnWorks para facilitar su ejecución en línea desde uno de nuestros sistemas operativos gratuitos.