Esta es la aplicación de Linux llamada ForceGen cuya última versión se puede descargar como ForceGenV0.4.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada ForceGen con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CAPTURAS DE PANTALLA:
FuerzaGen
DESCRIPCIÓN:
Por favor cite:ForceGen: derivación de la constante de enlace covalente atómico para Gromacs. Nash A, Collier T, Birch HL, de Leeuw NH. Revista de modelado molecular (2018), (24) 5. DOI: 10.1007 / s00894-017-3530-6
Video de instrucción:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Este archivo ejecutable de Java deriva las constantes de fuerza de enlace de segundo orden para el estiramiento y el ángulo de enlace a partir de cálculos gaussianos de la mecánica cuántica. Los cálculos son compatibles con la familia de campos de fuerza ámbar o cualquier campo de fuerza derivado del tensor de segundo orden del hessiano a partir de fragmentos moleculares. La salida se ha hecho compatible con el formato de topología de Gromacs.
Los ejemplos de uso incluyen la derivación de constantes de fuerza de enlace y valores de equilibrio para:
-metales enlazados en sitios activos proteicos
-aminoácidos modificados
-pequeñas moléculas / moléculas de fármacos
Se puede encontrar un zip de archivos de ejemplo siguiendo el enlace "Examinar todos los archivos".
Escrito por el Dr. Anthony Nash (Oxford)
Con el apoyo del Dr. Thomas Collier, la profesora Helen Birch y
Caracteristicas
- Derivación constante de la fuerza de estiramiento del enlace
- Derivación constante de la fuerza del ángulo de enlace
- Compatibilidad con la topología de Gromacs
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/forcegen/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.