Esta es la aplicación de Linux llamada MICA-aligner para ejecutar en Linux en línea cuya última versión se puede descargar como mica-GPLv3.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MICA-aligner para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
MICA-aligner para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN:
Último código en GitHub:https://github.com/aquaskyline/MICA-aligner
Para utilizar mejor las computadoras habilitadas para MIC para el análisis de datos NGS, desarrollamos un nuevo alineador de lectura corta MICA que está optimizado en vista de la limitación de MIC y el paralelismo adicional dentro de cada núcleo MIC. Los experimentos sobre la alineación de lecturas de extremo emparejado de 150 pb muestran que MICA usando una placa MIC es ~ 4.85 veces más rápido que el BWA-MEM basado en CPU (multinúcleo) y aproximadamente la misma velocidad que el SOAP3-dp basado en GPU. Además, la simplicidad de MICA permite un escalado muy eficiente cuando se utilizan múltiples tarjetas MIC en un nodo (3 tarjetas dan una aceleración de 14 veces en comparación con BWA-MEM de 6 núcleos).
Audiencia
Ciencia / Investigación, Educación, Ingeniería
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
C + +
Entorno de base de datos
Archivo plano
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/mica-aligner/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.