Esta es la aplicación de Linux llamada PTESFinder cuya última versión se puede descargar como ptesfinder_v1.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada PTESFinder con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
Buscador de PTES
DESCRIPCIÓN:
PTESFinder es una canalización computacional para identificar eventos de reproducción aleatoria de exones postranscripcionales a partir de datos de RNAseq de alto rendimiento. PTESFinder aprovecha el poder de las herramientas RNASeq establecidas y excluye sistemáticamente todas las clases conocidas de estructuras de falsos positivos mediante la aplicación de estrictos filtros diseñados para apuntar específicamente a estos falsos positivos. PTESFinder compara las cualidades de alineación del mapeo de lecturas con estructuras de PTES putativas con cualidades de las mismas lecturas cuando se asigna a regiones genómicas y transcripciones empalmadas canónicamente. Este enfoque aumenta la confianza en las lecturas de soporte de PTES. Las lecturas que emanan de eventos de cambio de plantilla a menudo se caracterizan por grandes indeles cuando se alinean con el transcriptoma. PTESFinder utiliza filtros adicionales para excluir lecturas con alineaciones ambiguas alrededor de las uniones exón-exón de PTES, lo que aumenta aún más la confianza en estas lecturas de apoyo. PTESFinder identifica más estructuras PTES que otros métodos publicados mientras mantiene una alta especificidad.
Público
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Consola Unix, Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.