Esta es la aplicación de Windows llamada clusterProfiler, cuya última versión se puede descargar como clusterProfilersourcecode.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada clusterProfiler con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
CAPTURAS DE PANTALLA:
Perfilador de clúster
DESCRIPCIÓN:
clusterProfiler es un paquete de R/Bioconductor que proporciona un flujo de trabajo unificado para el análisis de enriquecimiento funcional, lo que permite interpretar resultados ómicos de alto rendimiento. Admite tanto el análisis de sobrerrepresentación como el análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes, lo que permite trabajar con listas de genes sin clasificar o estadísticas clasificadas de pipelines diferenciales. El paquete se conecta a múltiples bases de conocimiento, como Gene Ontology, KEGG, Reactome, Disease Ontology, MeSH y otras, a través de una interfaz consistente, lo que permite consultar diferentes perspectivas biológicas sin reescribir el código. Está diseñado para ofrecer amplitud, abarcando características codificantes y no codificantes, así como miles de organismos, mediante anotaciones actualizadas continuamente. Los resultados se devuelven en estructuras ordenadas y fáciles de manipular, y se integran de forma natural con funciones de visualización avanzadas (mediante herramientas complementarias) para resumir vías, términos y relaciones entre conjuntos de genes.
Caracteristicas
- Flujos de trabajo unificados de ORA y GSEA en múltiples fuentes de anotación
- Amplio soporte de especies mediante anotaciones genéticas actualizadas
- Salidas ordenadas que se integran perfectamente con las canalizaciones de datos R posteriores
- Visualización integrada de los resultados de enriquecimiento mediante herramientas de gráficos complementarias
- Utilidades de comparación de múltiples grupos (por ejemplo, compareCluster) para el análisis de condiciones cruzadas
- Viñetas detalladas y manuales para estudios de enriquecimiento reproducibles de principio a fin
Lenguaje de programación
R
Categorías
Esta aplicación también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/clusterprofiler.mirror/. Está alojada en OnWorks para facilitar su ejecución en línea desde uno de nuestros sistemas operativos gratuitos.