Esta es la aplicación de Windows llamada kallisto cuya última versión se puede descargar como kallisto_windows-v0.50.0.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada kallisto con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
CAPTURAS DE PANTALLA:
calisto
DESCRIPCIÓN:
kallisto es un programa para la cuantificación casi óptima de la abundancia de transcritos a partir de datos de RNA-Seq o, de manera más general, de secuencias objetivo mediante lecturas de secuenciación de alto rendimiento. Se basa en la idea de utilizar la pseudoalineación para determinar rápidamente la compatibilidad de las lecturas y los objetivos, sin necesidad de alineación.
De acuerdo con los puntos de referencia realizados en una computadora de escritorio Mac, kallisto puede cuantificar 30 millones de lecturas masivas de RNA-seq humanas en menos de 3 minutos con solo las secuencias de lectura y un índice de transcriptoma, que en sí mismo puede demorar más de 10 minutos en construirse. Y dado que utiliza pseudoalineación, es resistente a errores en las lecturas y conserva la información clave necesaria para la cuantificación. Esto hace que kallisto no solo sea rápido sino también muy preciso. En muchos puntos de referencia, incluso supera con creces a las herramientas existentes.
Caracteristicas
- Utiliza pseudoalineación
- Rápido y preciso
- El RNA-Seq a granel cuantificado se puede analizar con inteligencia
- Se puede usar con bustools para preprocesar datos de RNA-seq de una sola célula
Lenguaje de programación
C
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener desde https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.