Esta es la aplicación de Windows llamada kSNP cuya última versión se puede descargar como kSNP4.1-source-code.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada kSNP con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
kSNP
DESCRIPCIÓN:
kSNP4 identifica los SNP del pangenoma en un conjunto de secuencias del genoma y estima árboles filogenéticos basados en esos SNP. El descubrimiento de SNP se basa en el análisis de k-mer y no requiere alineación de secuencias múltiples ni la selección de un genoma de referencia, por lo que kSNP4 puede tomar cientos de genomas microbianos como entrada. Un locus SNP está definido por un oligo de longitud k que rodea un alelo central de SNP. kSNP100 puede analizar tanto genomas completos (terminados) como genomas inacabados en contigs ensamblados o lecturas sin procesar y sin ensamblar. Los genomas terminados y sin terminar se pueden analizar juntos, y kSNP puede descargar automáticamente archivos Genbank de los genomas terminados e incorporar la información de esos archivos en la anotación de SNP.
No se requieren conocimientos de programación para utilizar kSNP4
Gardner, SN y Hall, BG 2013. MÁS UNO, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak y BG Hall. 2015 Bioinformática 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformática/btv271
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Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.