Esta es la aplicación de Windows llamada NGSEP cuya última versión se puede descargar como NGSEPwindows_4.1.0.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada NGSEP con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
CAPTURAS DE PANTALLA:
NGSEP
DESCRIPCIÓN:
NGSEP es un marco integrado para el análisis de datos de secuenciación de alto rendimiento de ADN. El uso principal de NGSEP es la construcción y análisis posterior de grandes conjuntos de datos de variación genómica. NGSEP realiza una detección y un genotipado precisos de variantes de un solo nucleótido (SNV), indeles pequeños y grandes, repeticiones cortas en tándem (STR), inversiones y variantes de número de copias (CNV). NGSEP también proporciona módulos para anotación funcional, filtrado, conversión de formato, comparación, agrupamiento, imputación, análisis de introgresión y diferentes tipos de estadísticas. Una lista completa de funcionalidades está disponible en nuestra wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
NOTICIAS: Acabamos de poner a disposición la primera versión de nuestro ensamblador de genomas de novo. Más detalles están disponibles en la wiki.
Caracteristicas
- Ensamblaje de genomas de novo
- Alineación de lecturas sin procesar con un genoma de referencia
- Detección de SNP, CNV y variantes estructurales
- Manipulación de VCF: anotación funcional, fusionar, filtrar, comparar, conversión de formato, imputación
- Lee demultiplexado
- Alineación de conjuntos genómicos anotados
- Estadísticas y filtrado de las anotaciones del transcriptoma en formato GFF3
Público
Industria de la salud, Ciencia / Investigación, Otro público, Agricultura
Interfaz de usuario
Java SWT, consola / terminal, Eclipse
Lenguaje de programación
Java
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.