این دستور bp_indexp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
bp_index.pl - فایل ها را برای استفاده توسط bp_fetch.pl فهرست می کند
خلاصه
bp_index.pl index_name file1 file2 و غیره.
شرح
bp_index.pl یک نمایه bioperl برای فایل های دنباله ای ارائه شده در لیست آرگومان می سازد،
تحت نام شاخص مثلا
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
ایندکسی به نام 'nrdb' به عنوان نام ایندکس فایل nrdb.fasta میسازد، و
bp_index.pl -fmt EMBL سوئیس /data/swiss/*.dat
برای همه فایل‌های موجود در /data/swiss که به .dat ختم می‌شود، یک فهرست به نام swiss میسازد.
در قالب EMBL هستند.
ایندکس ها با استفاده از ماژول های Bio/Index/*، به ویژه Bio::Index::EMBL و
ماژول های Bio::Index::Fasta. هر اسکریپتی که از این ماژول ها استفاده می کند می تواند از ایندکس استفاده کند. آ
نمونه خوب اسکریپت bp_fetch است که دنباله ها را واکشی می کند و آنها را به STDOUT لوله می کند.
مثال
bp_fetch سوئیس: ROA1_HUMAN
دنباله ROA1_HUMAN را از نمایه سوئیس دریافت می کند و آن را به صورت سریع در STDOUT می نویسد.
OPTIONS
-fmt - Fasta (پیش‌فرض)، سوئیسی یا EMBL
- کارگردان - دایرکتوری که در آن فایل های فهرست یافت می شوند
(متغیر محیطی BIOPERL_INDEX را لغو می کند)
گزینه هایی برای استفاده تخصصی
-نوع - نوع فایل DBM.
(متغیر محیطی BIOPERL_INDEX_TYPE را لغو می کند)
-v - گزارش هر اضافه شدن فهرست (اشکال زدایی)
محیط زیست
bp_index و bp_fetch جایی که پایگاه های داده با استفاده از متغیر محیطی قرار دارند را با هم هماهنگ می کنند
BIOPERL_INDEX. این را می توان با استفاده از گزینه -dir لغو کرد. هیچ مقدار پیش فرض وجود ندارد، بنابراین
باید از گزینه -dir استفاده کنید یا BIOPERL_INDEX را تنظیم کنید.
نوع DB با BIOPERL_INDEX_TYPE هماهنگ شده است که اگر وجود نداشته باشد، پیش فرض
هر آنچه که ماژول‌های bioperl نصب کرده‌اند، که خود پیش‌فرض SDBM_File است.
استفاده كردن IT خودت
bp_index.pl اسکریپتی است که ماژول های Index را هدایت می کند. اگر می خواهید از این اسکریپت استفاده کنید
به شدت در کار شما، اگر مبتنی بر Perl باشد، تقریباً مطمئناً بهتر است به آن نگاه کنید
کد را در این اسکریپت کپی کنید (احتمالاً تمایل بیشتری به استفاده از آن خواهید داشت
کد bp_fetch).
در حال گسترش IT
bp_index فقط یک بسته بندی در اطراف ماژول های شاخص عالی جیمز گیلبرت است که در bioperl یافت می شود.
بازخورد
پستی لیست
بازخورد کاربر بخشی جدایی ناپذیر از تکامل این ماژول و سایر ماژول های Bioperl است. ارسال
نظرات و پیشنهادات شما ترجیحا به لیست پستی Bioperl. مشارکت شما
بسیار قابل تقدیر است.
bioperl-l@bioperl.org - بحث عمومی
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - در مورد لیست های پستی
گزارش اشکالات
اشکالات را به سیستم ردیابی اشکال Bioperl گزارش دهید تا به ما در پیگیری اشکالات و آنها کمک کند
وضوح. گزارش اشکال را می توان از طریق وب ارسال کرد:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
نویسنده - ایوان بیرنی
اوان برنیbirney@ebi.ac.uk>
با استفاده از خدمات onworks.net از bp_indexp به صورت آنلاین استفاده کنید