bp_revtrans-motifp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

bp_revtrans-motif - یک موتیف پروتئینی شبیه Profam را به صورت معکوس ترجمه کنید

نسخه

نسخه 0.01

خلاصه

از یک فایل:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

استفاده از لوله:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

استفاده تعاملی در خط فرمان:

$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3،XNUMX}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

شرح

این اسکریپت یک موتیف پروتئینی را به عنوان ورودی می گیرد و یک الیگونوکلئوتید منحط را برمی گرداند
دنباله مربوط به آن دلیل اصلی انجام این کار طراحی منحط است
آغازگرهایی که یک الگوی توالی معین را تقویت می کنند.

موتیف ورودی شامل رشته ای از باقی مانده های یک حرفی با هر یک از موارد زیر است
عناصر نحوی:

[...] : موقعیت اضافی.
موقعیتی که در آن بیش از یک باقیمانده مجاز است. مثال:

[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^

[^...] : موقعیت نفی.
موقعیتی که در آن هر گونه باقیمانده مجاز است، برای آنهایی که بین براکت ها قرار دارند ذخیره می شود. مثال:

[^PW]MK[LAE]
^^

(...){n،m،...} : موتیف تکراری.
موتیفی که تکرار می شود n or m بار. می تواند هر یک از نحوهای قبلی را داشته باشد
عناصر. مثال:

A[SN]C(TXX){2,4,8،XNUMX،XNUMX}
^^^

حروف مجاز آنهایی هستند که با 20 اسید آمینه طبیعی مطابقت دارند، به علاوه:

B = N + D
Z = Q + E
X = همه

OPTIONS

-i فایل ورودی:
فایلی با فهرستی از موتیف ها برای ترجمه معکوس.

-h
این پیام راهنما را نمایش دهید.

از bp_revtrans-motifp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید