این دستور bp_run_protdist.plp است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
run_neighbor - برنامه 'protdist' Phylip را از طریق Bioperl اجرا کنید
خلاصه
run_protdist [-i inputfile] [-o outfilename]
شرح
یک فایل تراز برای اجرای protdist ارائه دهید. نام فایل باید .aln یا .phy باشد.
این مورد نیاز است تا بتوانیم تعیین کنیم که آیا نیاز به تبدیل یک تراز clustalw به آن داریم یا خیر
فیلیپ شما می توانید اسکریپت را برای کار بر روی سایر فرمت های MSA که bioperl هستند گسترش دهید
پشتیبانی می کند. این برای استفاده در خطوط لوله دستی بسیار ساده در نظر گرفته شده است.
فایل ورودی باید به شکل file.phy یا file.aln نامگذاری شود که برنامه انتظار دارد a
فایل به شکل (\S+)\.(\S+).
این برنامه "protdist" را با استفاده از فرمول "KIMURA" برای ساخت پروتئین aa اجرا می کند
ماتریس فاصله کسانی که phylip3.6 دارند اگر بخواهند استفاده کنند می خواهند تغییراتی ایجاد کنند
JTT. خوشحال می شوم در صورت درخواست، این را به عنوان یک آرگومان خط cmd اضافه کنم.
از bp_run_protdist.plp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید