create_matrix - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

create_matrix - محاسبه ماتریس شباهت فراوانی ژنوم

خلاصه

create_matrix [گزینه های] نامها

شرح

ماتریس شباهت را محاسبه کنید.

ابتدا، مجموعه‌ای از خواندن‌ها برای هر ژنوم مرجع با استفاده از شبیه‌ساز خواندن شبیه‌سازی می‌شود
core/tools.py مشخص شده از طریق -s. دوم، قرائت های شبیه سازی شده هر گونه نقشه برداری می شود
در برابر همه ژنوم های مرجع با استفاده از نقشه نگار مشخص شده با -m. سوم، نتیجه
فایل های SAM برای محاسبه ماتریس شباهت تجزیه و تحلیل می شوند. ماتریس شباهت ذخیره می شود
به عنوان یک فایل numpy (-o).

OPTIONS

نامها نام فایل نام فایل; فایل اسامی متنی ساده باید دارای یک نام در هر باشد
خط نام به عنوان شناسه در کل الگوریتم استفاده می شود.

-h, --کمک
این پیام راهنما را نشان داده و خارج شوید

-s شبیه ساز، --شبیه ساز=شبیه ساز
شناسه شبیه‌ساز خواندن تعریف شده در core/tools.py [پیش‌فرض: هیچ]

-r مرجع، --مرجع=مرجع
الگوی فایل دنباله مرجع برای شبیه ساز خواندن. جای جای نام است
"%s". [پیش‌فرض: ./ref/%s.fasta]

-m مپر، --نقشه نگار=MAPPER
شناسه نقشه‌بردار تعریف شده در core/tools.py [پیش‌فرض: هیچ]

-i فهرست مطالب، --فهرست مطالب=شاخص
فایل‌های فهرست مرجع برای نقشه‌برخوان خوانده شده. جای جای نام "%s" است.
[پیش‌فرض: ./ref/%s.fasta]

-t دما، -- دما=TEMP
دایرکتوری برای ذخیره مجموعه داده های شبیه سازی شده موقت و فایل های SAM. [پیش‌فرض: ./temp]

-o بیرون ، -- خروجی=OUT
فایل ماتریس شباهت خروجی [پیش‌فرض: ./similarity_matrix.npy]

با استفاده از خدمات onworks.net از create_matrix به صورت آنلاین استفاده کنید