این دستور خلاصه ای است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
هضم - گزارش هایی در مورد آنزیم های پروتئولیتیک پروتئین یا محل های برش معرف
خلاصه
خلاصه -سقال seqall -mwdata فایل اطلاعات -منو فهرست -مونونوکلئوز بولی - نامطلوب بولی
پاره پاره بولی -پایانه فهرست -همپوشانی بولی -همه جزئی بولی
-outfile گزارش
خلاصه -کمک
شرح
خلاصه یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Protein:Motifs" است.
OPTIONS
ورودی بخش
-سقال seqall
-mwdata فایل اطلاعات
داده های وزن مولکولی برای اسیدهای آمینه مقدار پیش فرض: Emolwt.dat
ضروری بخش
-منو فهرست
مقدار پیش فرض: 1
-مونونوکلئوز بولی
مقدار پیش فرض: N
فناوری بخش
- نامطلوب بولی
تریپسین معمولاً بعد از «KR» قطع نمی‌شود، اگر با هر یک از «KRIFLP» دنبال شود.
Lys-C به طور معمول بعد از "K" قطع نمی شود اگر با "P" دنبال شود. Arg-C نمی کند
اگر بعد از آن "P" آمده باشد، معمولاً بعد از "R" قطع می شود. V8-bicarb به طور معمول پس از قطع نمی شود
"E" اگر با هر یک از "KREP" دنبال شود. V8-phosph معمولاً بعد از 'DE' قطع نمی شود
آنها با 'P' دنبال می شوند. کیموتریپسین معمولاً بعد از «FYWLM» قطع نمی‌شود
به دنبال آن "P". مشخص کردن نامطلوب، این برش‌های نامطلوب را نیز نشان می‌دهد
مورد علاقه
پاره پاره بولی
اجازه هضم نیمه اختصاصی و غیر اختصاصی را می دهد. این گزینه به ویژه مفید است
برای تولید لیستی از توالی های پپتیدی برای شناسایی پروتئین با استفاده از
طیف سنجی جرمی
-پایانه فهرست
مقدار پیش فرض: 1
تولید بخش
-همپوشانی بولی
برای هضم جزئی استفاده می شود. همه برش ها را از سایت های برش دلخواه به اضافه 1..3، 2..4 نشان می دهد،
3..5 و غیره اما نه (به عنوان مثال) 2..5. بنابراین، همپوشانی‌ها قطعاتی هستند که دقیقاً یکی هستند
سایت برش بالقوه در آن
-همه جزئی بولی
در مورد همپوشانی، اما قطعات حاوی بیش از یک محل برش بالقوه گنجانده شده است.
-outfile گزارش
با استفاده از خدمات onworks.net از digeste آنلاین استفاده کنید