gmx-dyndom - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-dyndom - چرخش های ساختار را درون یابی و برون یابی کنید

خلاصه

gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-نقطه اول ] [-لستانگ ] [-nframe ]
[ماکسانگول ] [-ترانس ] [-سر ]
[-دم ]

شرح

gmx دینوم می خواند a pdf خروجی فایل از DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/) آی تی
مختصات، مختصات محور چرخش و یک فایل فهرست حاوی
دامنه ها علاوه بر این، اولین و آخرین اتم فایل پیکان را به عنوان دستور می گیرد
آرگومان های خط (سر و دم) و در نهایت بردار ترجمه را می گیرد (در داخل
فایل اطلاعات DynDom) و زاویه چرخش (همچنین به عنوان آرگومان های خط فرمان). اگر زاویه
تعیین شده توسط DynDom داده شده است، باید قادر به بازیابی ساختار دوم مورد استفاده برای
تولید خروجی DynDom به دلیل دقت عددی محدود این باید باشد
با محاسبه یک RMSD تمام اتمی (با استفاده از gmx تایید می کند) به جای مقایسه فایل
(با استفاده از diff).

هدف از این برنامه، درون یابی و برون یابی چرخش است که توسط
DynDom. در نتیجه ساختارهای غیرفیزیکی با پیوندهای بلند یا کوتاه یا اتم های همپوشانی
ممکن است تولید شود. بازرسی بصری و به حداقل رساندن انرژی ممکن است برای تأیید اعتبار لازم باشد
ساختار.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
فایل بانک اطلاعات پروتئین

-n [<.ndx>] (domains.ndx)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xtc/.trr/...>] (rotated.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR غروب g96 پی دی بی tng

گزینه های دیگر:

-نقطه اول (0)
زاویه چرخش در مورد بردار چرخش

-لستانگ (0)
زاویه چرخش در مورد بردار چرخش

-nframe (11)
تعداد پله ها در مسیر

ماکسانگول (0)
DymDom زاویه چرخش را در مورد بردار چرخش تعیین کرد

-ترانس (0)
ترجمه (Angstrom) در امتداد بردار چرخش (به فایل اطلاعات DynDom مراجعه کنید)

-سر (0 0 0)
اتم اول بردار پیکان

-دم (0 0 0)
آخرین اتم بردار پیکان

با استفاده از خدمات onworks.net از gmx-dyndom آنلاین استفاده کنید