gmx-helix - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-helix - محاسبه خواص اساسی مارپیچ های آلفا

خلاصه

مارپیچ gmx [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[اکنون] [-r0 ] [- [نه] q] [- [نه] F]
[-[no]db] [-[no]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

شرح

gmx مارپیچ انواع ویژگی های مارپیچ را محاسبه می کند. ابتدا پپتید برای یافتن بررسی می شود
طولانی ترین بخش مارپیچ که توسط پیوندهای هیدروژنی و زوایای فی/پسی تعیین می شود. آن بیت است
بر روی یک مارپیچ ایده آل در اطراف نصب شده است zمحور و حول مبدا متمرکز است. سپس
خواص زیر محاسبه می شود:

· شعاع هلیکس (پرونده شعاع.xvg). این صرفاً انحراف RMS در دو بعد است
برای تمام اتم های کالفا به صورت sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) محاسبه می شود که N است
تعداد اتم های ستون فقرات برای یک مارپیچ ایده آل شعاع 0.23 نانومتر است.

· پیچ و تاب (پرونده twist.xvg). میانگین زاویه مارپیچ در هر باقیمانده محاسبه می شود. برای یک
آلفا مارپیچ 100 درجه است، برای 3-10 مارپیچ کوچکتر و برای مارپیچ های 5 کوچکتر است.
بزرگتر خواهد بود

· افزایش به ازای باقیمانده (پرونده rise.xvg). افزایش مارپیچ در هر باقیمانده به صورت نمودار ترسیم می شود
تفاوت در z- هماهنگی بین اتم های کالفا برای یک مارپیچ ایده آل، این 0.15 نانومتر است.

· طول کل مارپیچ (پرونده len-ahx.xvg). طول کل مارپیچ بر حسب نانومتر این هست
به سادگی افزایش متوسط ​​(به بالا) برابر تعداد باقیمانده های مارپیچ (به زیر مراجعه کنید).

· دوقطبی هلیکس، فقط ستون فقرات (پرونده dip-ahx.xvg).

· انحراف RMS از مارپیچ ایده آل، محاسبه شده فقط برای اتم های Calpha (پرونده
rms-ahx.xvg).

· میانگین کالفا - زاویه دو وجهی کالفا (پرونده phi-ahx.xvg).

· میانگین زوایای ph و psi (پرونده phipsi.xvg).

· بیضایی در 222 نانومتر طبق نظر هرست و بروکس.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-n [<.ndx>] (index.ndx)
فایل فهرست

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-r0 (1)
اولین عدد باقیمانده در دنباله

- [نه] q (نه)
در هر مرحله بررسی کنید که کدام قسمت از دنباله مارپیچ است

- [نه] F (آره)
تناسب را به یک مارپیچ کامل تغییر دهید

-[no]db (نه)
اطلاعات چاپ اشکال زدایی

-[no]ev (نه)
یک فایل «مسیر» جدید برای ED بنویسید

-ahxstart (0)
اولین باقیمانده در مارپیچ

-ahxend (0)
آخرین باقیمانده در مارپیچ

از gmx-helix به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید