gmx-polystat - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-polystat - محاسبه خواص استاتیکی پلیمرها

خلاصه

gmx polystat [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [تو ]
[-[اکنون] [-xvg ] [-[no]mw] [- [نه] کامپیوتر]

شرح

gmx پلی استات خواص استاتیکی پلیمرها را به صورت تابعی از زمان ترسیم کرده و آن را چاپ می کند
به طور متوسط.

به‌طور پیش‌فرض، میانگین فاصله انتها به انتها و شعاع چرخش آن را تعیین می‌کند
پلیمرها یک گروه شاخص می خواهد و آن را به مولکول ها تقسیم می کند. انتها به انتها
سپس فاصله با استفاده از اولین و آخرین اتم در گروه شاخص برای هر یک تعیین می شود
مولکول ها. برای شعاع چرخش مجموع و سه جزء اصلی برای
تانسور چرخش متوسط ​​نوشته شده است. با گزینه -v بردارهای ویژه نوشته می شوند.
با گزینه -pc همچنین میانگین مقادیر ویژه تانسورهای چرخشی فردی است
نوشته شده است. با گزینه -i میانگین مربع فواصل داخلی نوشته شده است.

با گزینه -p طول ماندگاری تعیین می شود. گروه شاخص انتخاب شده باید
متشکل از اتم هایی است که به طور متوالی در زنجیره های اصلی پلیمر به هم متصل می شوند. پشتکار
سپس طول از کسینوس زوایای بین پیوندها با یک شاخص تعیین می شود
تفاوت که زوج است، از جفت های فرد استفاده نمی شود، زیرا ستون فقرات پلیمری مستقیم است
معمولاً همه ترانس هستند و بنابراین فقط هر باند دوم تراز می شود. طول ماندگاری
به عنوان تعداد اوراق قرضه تعریف می شود که میانگین cos به مقدار 1/e می رسد. این نقطه است
تعیین شده توسط یک درونیابی خطی از log( ).

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
فایل ورودی xdr run قابل حمل

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-v [<.xvg>] (polyvec.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-p [<.xvg>] (persist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (اختیاری)
فایل xvgr/xmgr

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-[اکنون (نه)
نمایش خروجی xvg, xpm, .پس و pdf فایل ها

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

-[no]mw (آره)
از وزن دهی جرم برای شعاع چرخش استفاده کنید

- [نه] کامپیوتر (نه)
مقادیر ویژه میانگین را رسم کنید

از gmx-polystat به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید