gmx-sasa - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-sasa - مساحت سطح قابل دسترس حلال را محاسبه کنید

خلاصه

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-اوه [<.xvg>]] [و یا [<.xvg>]] [-اوآ [<.xvg>]]
[-تلویزیون [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [تو ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[- [نه] پی سی] [-sf ] [-selrpos ] [-پویشگر ]
[-نقاط ] [-[no]prot] [-dgs ]
[سطح ] [-خروجی ]

شرح

gmx ساسا مساحت سطح قابل دسترس حلال را محاسبه می کند. رجوع کنید به Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. شیمی. 16، 273-284 برای الگوریتم مورد استفاده. با
-q، سطح Connolly را می توان در a نیز ایجاد کرد pdf فایلی که گره ها در آن قرار دارند
به صورت اتم و لبه هایی که نزدیک ترین گره ها را به هم متصل می کنند به عنوان رکوردهای CONECT نشان داده می شوند. -اوه
امکان تخمین انرژی‌های بدون حل‌پذیری از انرژی‌های حل‌پذیری در هر اتم را فراهم می‌کند.
سطح در معرض

برنامه نیاز به انتخابی برای محاسبه سطح دارد که باید با آن مشخص شود
سطح. این باید همیشه شامل تمام اتم های غیر حلال در سیستم باشد. منطقه از
این گروه همیشه محاسبه می شود. به صورت اختیاری، -خروجی می تواند انتخاب های اضافی را مشخص کند،
که باید زیر مجموعه های گروه محاسباتی باشند. مناطق قابل دسترس حلال برای این
گروه ها نیز از سطح کامل استخراج می شوند.

میانگین و انحراف معیار مساحت روی مسیر را می توان در هر محاسبه کرد
باقی مانده و اتم (گزینه ها و یا و -اوآ).

با -تلویزیون گزینه حجم کل و چگالی مولکول را می توان محاسبه کرد. با
-pbc (به طور پیش فرض)، باید اطمینان حاصل کنید که مولکول/گروه سطحی شما تقسیم نشده است
PBC. در غیر این صورت، نتایج غیر منطقی دریافت خواهید کرد. لطفاً در نظر بگیرید که آیا
شعاع پروب معمولی در این مورد مناسب است یا اینکه آیا ترجیح می دهید از آن استفاده کنید، مثلاً 0.
خوب است در نظر داشته باشید که نتایج برای حجم و تراکم بسیار تقریبی است.
به عنوان مثال، در یخ Ih، می توان به راحتی مولکول های آب را در منافذ قرار داد که تولید می کنند
حجمی که خیلی کم است و سطح و چگالی که هر دو خیلی زیاد هستند.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (اختیاری)
مسیر ورودی یا پیکربندی واحد: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (اختیاری)
ساختار ورودی: Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
گروه های شاخص اضافی

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (area.xvg)
مساحت کل به عنوان تابعی از زمان

-اوه [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (اختیاری)
تخمین زده شده انرژی آزاد حلالیت به عنوان تابعی از زمان

و یا [<.xvg>] (resarea.xvg) (اختیاری)
میانگین مساحت در هر باقیمانده

-اوآ [<.xvg>] (atomarea.xvg) (اختیاری)
سطح متوسط ​​در هر اتم

-تلویزیون [<.xvg>] (volume.xvg) (اختیاری)
حجم و چگالی کل به عنوان تابعی از زمان

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (اختیاری)
فایل PDB برای سطح Connolly

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط در صورتی از قاب استفاده کنید که t MOD dt == اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-xvg (xmgrace)
قالب بندی طرح: هیچ، xmgrace، xmgr

-[no]rmpbc (آره)
برای هر فریم مولکول ها را کامل بسازید

- [نه] پی سی (آره)
از شرایط مرزی دوره ای برای محاسبه فاصله استفاده کنید

-sf
انتخاب هایی را از فایل ها ارائه دهید

-selrpos (اتم)
موقعیت های مرجع انتخاب: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog، part_mol_com، part_mol_cog، dyn_res_com، dyn_res_cog، dyn_mol_com،
dyn_mol_cog

-پویشگر (0.14)
شعاع پروب حلال (nm)

-نقاط (24)
تعداد نقاط در هر کره، نقاط بیشتر به معنای دقت بیشتر است

-[no]prot (آره)
پروتئین را به Connolly ارسال کنید pdf فایل نیز

-dgs (0)
مقدار پیش‌فرض انرژی بدون حل‌پذیری در هر منطقه (کیلوژول/مول/نانومتر^2)

سطح
انتخاب محاسبه سطح

-خروجی
انتخاب(های) خروجی

از gmx-sasa آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید