gt-ltrharvest - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gt-ltrharvest - رتروترانسپوزون های LTR را پیش بینی کنید.

خلاصه

gt ltrharvest [گزینه ...] -index

شرح

-فهرست مطالب [رشته]
نام شاخص آرایه پسوندی پیشرفته (اجباری) را مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)

-دامنه [شروع پایان]
محدوده ای را در دنباله(های) ورودی که جفت های LTR در آن جستجو می شوند مشخص کنید (پیش فرض:
[0..0])

-بذر [ارزش]
حداقل طول بذر را برای تکرارهای دقیق مشخص کنید (پیش‌فرض: 30)

-minlenltr [ارزش]
حداقل طول را برای هر LTR مشخص کنید (پیش‌فرض: 100)

-maxlenltr [ارزش]
حداکثر طول را برای هر LTR مشخص کنید (پیش‌فرض: 1000)

-mindistltr [ارزش]
حداقل فاصله موقعیت های شروع LTR را مشخص کنید (پیش فرض: 1000)

-maxdistltr [ارزش]
حداکثر فاصله موقعیت های شروع LTR را مشخص کنید (پیش فرض: 15000)

-مشابه [ارزش]
آستانه تشابه را در محدوده [1..100%] مشخص کنید (پیش‌فرض: 85.000000)

-mintsd [ارزش]
حداقل طول را برای هر TSD مشخص کنید (پیش‌فرض: 4)

-maxtsd [ارزش]
حداکثر طول را برای هر TSD مشخص کنید (پیش‌فرض: 20)

-موتیف [رشته]
2 نوکلئوتید شروع + 2 نوکلئوتید پایان موتیف را مشخص کنید: ** (پیش فرض: تعریف نشده)

-motifmis [ارزش]
حداکثر تعداد عدم تطابق را در موتیف [0,3] مشخص کنید (پیش‌فرض: 4)

-vic [ارزش]
تعداد نوکلئوتیدهایی را که جستجو می شوند (در سمت چپ و سمت راست) مشخص کنید
برای TSD ها و/یا نقوش در اطراف مرز 5' و 3' رتروترانسپوزون های LTR پیش بینی شده
(به طور پیش فرض: 60)

-همپوشانی ها [...]
مشخص کنید no|بهترین|همه (پیش‌فرض: بهترین)

-xdrop [ارزش]
xdropbelowscore را برای همترازی افزونه مشخص کنید (پیش‌فرض: 5)

-حصیر [ارزش]
تعیین امتیاز مسابقه برای الحاق-تراز کردن (پیش‌فرض: 2)

- Miss [ارزش]
مشخص کردن عدم تطابق برای الحاق-تراز کردن (پیش‌فرض: -2)

- در [ارزش]
امتیاز درج را برای همترازی افزونه مشخص کنید (پیش‌فرض: -3)

-دل [ارزش]
امتیاز حذف را برای همترازی افزونه مشخص کنید (پیش‌فرض: -3)

-v [بله | نه]
حالت پرمخاطب (پیش‌فرض: خیر)

-تابوت [بله | نه]
نشان قدیمی خروجی جدولی به جای GFF3 در stdout (پیش‌فرض: بله)

-سقیدها [بله | نه]
استفاده از توضیحات توالی به جای اعداد دنباله در خروجی GFF3 (پیش‌فرض: خیر)

-md5 [بله | نه]
هش MD5 را به seqids در خروجی GFF3 اضافه کنید (پیش‌فرض: خیر)

-خروجی طولانی [بله | نه]
خروجی موتیف/TSD اضافی (پیش‌فرض: خیر)

بیرون [رشته]
نام فایل خروجی FASTA را مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)

بیرونی [رشته]
نام فایل خروجی FASTA را برای مناطق داخلی مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)

-gff3 [رشته]
نام فایل خروجی GFF3 را مشخص کنید (پیش‌فرض: تعریف نشده)

-انحراف [ارزش]
افست به مختصات GFF3 اضافه شد (پیش‌فرض: 0)

اسکن [بله | نه]
به جای نگاشت کامل ایندکس در حافظه، به صورت متوالی اسکن کنید (پیش‌فرض: بله)

-کمک
نمایش راهنما برای گزینه های اساسی و خروج

-help+
نمایش راهنما برای همه گزینه ها و خروج

-version
نمایش اطلاعات نسخه و خروج

اضافی اطلاعات

برای اطلاعات دقیق لطفاً به دفترچه راهنمای ltrharvest مراجعه کنید.

گزارش نویسی اشکالات

گزارش اشکالات بهgt-users@genometools.org>.

از gt-ltrharvest به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید