hhblits - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

hhblits - روش تشخیص سریع همسانی برای جستجوی مکرر در پایگاه داده HMM

خلاصه

hhblits -i پرس و جو [گزینه های]

شرح

HHblits نسخه 2.0.16 (ژانویه 2013): دنباله تکراری سریع رعد و برق مبتنی بر HMM-HMM
جستجو HHblits یک ابزار جستجوی توالی حساس، همه منظوره و تکراری است که
توالی پرس و جو و پایگاه داده را توسط HMM نشان می دهد. می توانید پایگاه داده های HHblits را جستجو کنید
با یک دنباله پرس و جو، یک تراز چند دنباله (MSA)، یا یک HMM شروع می شود.
HHblits یک لیست رتبه بندی شده از پایگاه داده های HMM/MSA را چاپ می کند و همچنین می تواند MSA را توسط
ادغام پایگاه داده قابل توجه HMMs/MSA در پرس و جو MSA.

Remmert M., Biegert A., Hauser A., ​​and Soding J. HHblits: Lightning-fast Iterative
جستجوی توالی پروتئین با تراز HMM-HMM. نات. Methods 9:173-175 (2011) (C)
یوهانس سودینگ، مایکل رمرت، آندریاس بیگرت، آندریاس هاوزر

-i
ورودی/پرس و جو: یک توالی یا تراز چند دنباله (MSA) در a3m، a2m، یا
فرمت FASTA یا HMM در فرمت hhm

ممکن است در سراسر "stdin" یا "stdout" باشد.

OPTIONS

-d
نام پایگاه داده (به عنوان مثال uniprot20_29Feb2012) (پیش فرض =)

-n [1,8،2] تعداد تکرار (پیش‌فرض=XNUMX)

-e [0,1] برش ارزش E برای گنجاندن در تراز نتایج (def=0.001)

ورودی هم ترازی قالب:
-M a2m استفاده از A2M/A3M (پیش‌فرض): حروف بزرگ = مطابقت؛ حروف کوچک = درج;

' -' = حذف; '.' = شکاف های تراز شده با درج ها (ممکن است حذف شوند)

-M اول
از FASTA استفاده کنید: ستون هایی با باقیمانده در دنباله 1 حالت تطبیق دارند

-M [0,100]
از FASTA استفاده کنید: ستون هایی با فاصله کمتر از X٪ حالت های تطبیق دارند

تولید گزینه ها:
-o
نتایج را در قالب استاندارد در فایل بنویسید (پیش فرض = )

-oa3m
نتیجه MSA را با موارد قابل توجه در قالب a3m بنویسید

-opsi
نتیجه MSA مربوط به موارد قابل توجه را در قالب PSI-BLAST بنویسید

-اهم
فایل HHM را برای نتایج MSA مربوط به موارد قابل توجه بنویسید

-اوالیس
MSA ها را پس از هر بار تکرار در قالب A3M بنویسید

-اوفاس
ترازهای جفتی منطبقات مهم را در قالب FASTA بنویسید مشابه برای
خروجی در فرمت های a3m و a2m (مثلا -Oa3m)

-قهم
نوشتن پرس و جو ورودی فایل HHM آخرین تکرار (پیش‌فرض=خاموش)

دنباله
حداکثر تعداد توالی پرس و جو/الگوی نمایش داده شده (پیش فرض = 1)

-الیو
تعداد ستون ها در هر خط در لیست تراز (پیش فرض = 80)

-p [0,100]
حداقل احتمال در فهرست خلاصه و تراز (پیش فرض = 20)

-E [0، اطلاعات[
حداکثر E-value در فهرست خلاصه و تراز (پیش‌فرض=1E+06)

-Z
حداکثر تعداد خطوط در فهرست ضربه خلاصه (پیش فرض = 500)

-z
حداقل تعداد خطوط در فهرست ضربه خلاصه (پیش فرض = 10)

-B
حداکثر تعداد ترازها در لیست تراز (پیش فرض = 500)

-b
حداقل تعداد ترازها در لیست تراز (پیش فرض = 10)

گزینه های پیش فیلتر

-noprefilt
تمام مراحل فیلتر را غیرفعال کنید

-noaddfilter
غیرفعال کردن تمام مراحل فیلتر (به جز پیش فیلتر کردن سریع)

-nodbfilter
فیلتر اضافی HMM های از پیش فیلتر شده را غیرفعال کنید

- فیلتر نابلاک ماتریس کامل را در ویتربی جستجو کنید

-maxfilt
حداکثر تعداد بازدید مجاز برای عبور از دومین پیش فیلتر (پیش فرض = 2)

گزینه‌های فیلتر برای درخواست MSA، MSA پایگاه داده و MSA نتیجه اعمال می‌شود

-همه نمایش تمام دنباله ها در نتیجه MSA. نتیجه MSA را فیلتر نکنید

-شناسه [0,100] حداکثر هویت توالی زوجی (def=90)

-تفاوت [0، اطلاعات[
MSAها را با انتخاب متنوع‌ترین مجموعه‌ای از توالی‌ها، با حفظ حداقل این تعداد، فیلتر کنید
seqs در هر بلوک MSA به طول 50 (def=1000)

-cov [0,100] حداقل پوشش با دنباله اصلی (%) (def=0)

-قید [0,100] حداقل هویت دنباله با دنباله اصلی (%) (def=0)

-qsc [0,100] حداقل امتیاز در هر ستون با دنباله اصلی (پیش‌فرض = -20.0)

-نف [1، اطلاعات]
تنوع هدف تراز چند توالی (پیش‌فرض=خاموش)

HMM-HMM هم ترازی گزینه ها:
-نورآلاین
بازدیدهای نمایش داده شده را با الگوریتم MAC تنظیم مجدد نکنید (def=realign)

-مکت [0,1[
آستانه احتمال خلفی برای تراز مجدد MAC (def=0.350) کنترل های پارامتر
حریص همسویی: 0:جهانی >0.1:محلی

-گلوب/-loc
استفاده از حالت هم ترازی جهانی/محلی برای جستجو/رتبه بندی (def=local)

-realign_max
حداکثر تنظیم مجدد بازدید (پیش فرض = 1000)

- alt
به این تعداد ترازهای جایگزین قابل توجه نشان داده شود (def=2)

-پیش ادغام ادغام برای پرس و جو از MSA قبل از تراز کردن بازدیدهای باقیمانده (def=3)

-تغییر مکان [-1,1،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX]
افست امتیاز نمایه نمایه (def=-0.03)

-ssm {0,...,4}
0: بدون امتیاز ss 1,2: امتیاز ss بعد یا در حین تراز کردن [default=2] 3,4: ss
امتیاز دهی بعد یا در حین هم ترازی، پیش بینی شده در مقابل پیش بینی شده

-ssw [0,1]
وزن نمره ss (def=0.11)

شکاف هزینه گزینه ها:
-gapb [0، اطلاعات[
افزودنی شبه شمار انتقالی (def=1.00)

-gapd [0، اطلاعات[
افزودنی شبه شمار انتقالی برای شکاف باز (پیش‌فرض = 0.15)

-گپ [0,1.5]
افزودنی شبه شمار انتقالی برای افزایش شکاف (def=1.00)

-gapf ]0، اطلاعات]
عامل افزایش/کاهش جریمه باز کردن شکاف برای حذف ها (def=0.60)

-gapg ]0، اطلاعات]
عامل افزایش/کاهش جریمه باز شکاف برای درج ها (def=0.60)

-گاف ]0، اطلاعات]
عامل افزایش/کاهش شکاف افزایش جریمه حذف ها (def=0.60)

-گاپی ]0، اطلاعات]
عامل افزایش/کاهش شکاف افزایش جریمه برای درج ها (def=0.60)

-egq [0,inf[ جریمه (بیت ها) برای شکاف های انتهایی تراز شده با باقیمانده های پرس و جو (def=0.00)

-به عنوان مثال [0,inf[ جریمه (بیت) برای شکاف‌های انتهایی تراز شده با باقیمانده‌های الگو (def=0.00)

شبه شمار (کامپیوتر) گزینه ها:
-pcm {0,...,2}
وابستگی موقعیت افزودنی کامپیوتر 'tau' (حالت کامپیوتر، پیش فرض = 2) 0: هیچ شبه شماری وجود ندارد:
تاو = 0 1: تاو ثابت = a 2: وابسته به تنوع: تاو = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: تعداد دنباله‌های مؤثر در MSA محلی اطراف ستون i)

-pca [0,1،1.0] ترکیب کل شبه شمارش (def=XNUMX)

-pcb [1,inf[ مقدار آستانه Neff برای -pcm 2 (def=1.5)

-Pcc [0,3] توان خاموشی c برای -pcm 2 (def=1.0)

-pre_pca [0,1]
افزودنی شبه شمارش پیش‌فیلتر (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ آستانه PREFILTER برای Neff (def=1.8)

زمینه خاص شبه شمارش:
-nocontxt
از ماتریس جایگزینی به جای شبه شمارهای خاص زمینه استفاده کنید

-contxt فایل زمینه برای محاسبه شبه شمارهای خاص زمینه
(default=./data/context_data.lib)

-cslib
فایل وضعیت ستون برای پیش فیلتر کردن سریع پایگاه داده (default=./data/cs219.lib)

پیش بینی ساختار ثانویه

-افزودن ساختار 2ndary پیش بینی شده با PSIPRED را به نتیجه MSA اضافه کنید

-psipred دایرکتوری با فایل های اجرایی PSIPRED (پیش فرض =)

-psipred_data
دایرکتوری با داده های PSIPRED (پیش فرض =)

دیگر گزینه ها:
-v
حالت پرحرف: 0: خروجی صفحه نمایش وجود ندارد 1: فقط هشدارها 2: پرحرف (def=2)

-neffmax ]1,20،XNUMX] از تکرار جستجوی بیشتر در هنگام تنوع Neff از پرس و جو MSA صرفنظر کنید

بزرگتر از neffmax می شود (پیش فرض = 10.0)

-Cpu
تعداد پردازنده های مورد استفاده (برای SMP های حافظه مشترک) (پیش فرض = 2)

-نمرات نمرات را برای همه مقایسه های زوجی در پرونده بنویسید

-یک تب تمام ترازها را در طرح بندی جدولی در فایل بنویسید

حداکثر
حداکثر تعداد ستون‌های HMM (def=15002)

حداکثر [1,inf[ حداکثر حافظه موجود در گیگابایت (def=3.0)

مثال ها

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniprot20

دانلود بانک های اطلاعاتی ازftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

از hhblits به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید