ipcress - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

ipcress - سیستم شبیه سازی آزمایش PCR در سیلیکو

خلاصه

ippress [ گزینه های ] <پرایمر فایل> <دنباله مسیرها>

شرح

ippress هست In-سیلیکو PCR Eآزمایش Sتقلید Sسیستم

این ابزاری برای شبیه سازی آزمایشات PCR است. شما یک فایل حاوی پرایمرها را ارائه می کنید
و مجموعه ای از توالی ها، و محصولات PCR را پیش بینی می کند.

Ipcress مشابه برنامه e-PCR از NCBI است، اما بسیار سریعتر است و این کار را نمی کند.
هنگامی که نمادهای ابهام در نزدیکی پرایمر وجود دارد، در شناسایی منطبقات مشکل دارند
به پایان می رسد.

اگر تعداد زیادی جفت پرایمر را با هم تهیه کنید، ipcress آزمایشات PCR را در آن شبیه سازی می کند
موازی، امکان شبیه‌سازی گسترده ژنوم تعداد زیادی آزمایش را فراهم می‌کند. از بسیاری استفاده می کند
کتابخانه ها از اخراج ابزار مقایسه توالی

INPUT FORMAT

ورودی ipcress یک فایل محدود شده با فضای سفید ساده است که یک آزمایش را در هر توصیف می کند.
خط هر خط شامل 5 فیلد زیر است:

id یک شناسه برای این آزمایش
آغازگر_A توالی برای اولین پرایمر
پرایمر_B دنباله برای پرایمر دوم
min_product_len حداقل طول محصول برای گزارش
max_product_len حداکثر طول محصول برای گزارش

در اینجا یک خط نمونه در این قالب آورده شده است:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

OUTPUT FORMAT

فرمت خروجی یک محصول PCR در هر خط را توصیف می کند،
و با پیشوند "ipcress:" و به دنبال آن 11 فیلد زیر قرار می گیرد:

sequence_id شناسه توالی
Experiment_id شناسه آزمایش PCR
طول محصول طول محصول PCR
پرایمر_5 آغازگر 5' (یا A یا B)
pos_5 موقعیت پرایمر 5'
عدم تطابق_5 تعداد عدم تطابق روی پرایمر 5'
پرایمر_3 |
pos_3 | فیلدهای مشابه برای پرایمر 3
عدم تطابق_3 |
شرح توضیحات محصول PCR

قسمت توضیحات یکی از 4 رشته زیر است:

رو به جلو محصول معمولی، پرایمر A و سپس B
revcomp محصول معمولی، آغازگر B و سپس A
single_A محصول بدی که فقط توسط primer_A تولید شده است
single_B محصول بدی که فقط توسط primer_B تولید شده است

همچنین یک خروجی قابل خواندن توسط انسان نمایش داده می شود که برای تجزیه طراحی نشده است (نگاه کنید به:
-- بسیار زیر).

عمومی OPTIONS

اکثر استدلال ها اشکال کوتاه و بلند دارند. فرم های بلند
به احتمال زیاد در طول زمان پایدار هستند و از این رو باید در اسکریپت هایی استفاده شوند که
با ipcres تماس بگیرید

-h | -- کمک کوتاه
نشان دادن کمک این یک خلاصه مختصر از گزینه های موجود، پیش فرض ها را نمایش می دهد
و مقادیر در حال حاضر تنظیم شده است.

--کمک
این همه گزینه های راهنما از جمله پیش فرض ها، مقدار تنظیم شده فعلی را نشان می دهد،
و متغیر محیطی که ممکن است برای تنظیم هر پارامتر استفاده شود. وجود خواهد داشت
نشانه ای از اجباری بودن گزینه ها باشد. گزینه های اجباری ندارد
به طور پیش فرض، و باید یک مقدار ارائه شده برای ipcress برای اجرا داشته باشد. اگر گزینه های اجباری
به ترتیب استفاده می شود، پرچم آنها ممکن است از خط فرمان نادیده گرفته شود (نمونه ها را ببینید
زیر). برخلاف این صفحه مرد، اطلاعات این گزینه همیشه بالا خواهد بود
تا به امروز با آخرین نسخه برنامه.

-v | - نسخه
نمایش شماره نسخه همچنین اطلاعات دیگری مانند تاریخ ساخت را نمایش می دهد
و نسخه glib استفاده شده است.

فایل INPUT OPTIONS

-i | -- ورودی
داده های آزمایش PCR در قالب فایل ipcres که در بالا توضیح داده شد.

-s | --توالی
دنباله ها را مشخص کنید. ممکن است چندین فایل در اینجا مشخص شود که باعث کاهش FSM می شود
سربار ساخت و باعث می شود ipcres سریعتر از اجرای فرآیند اجرا شود
بصورت جداگانه.

IPCRESS پارامترهای

-m | -- عدم تطابق
تعداد عدم تطابق مجاز در هر آغازگر را مشخص کنید. اجازه عدم تطابق را کاهش می دهد
سرعت برنامه به عنوان یک محله پرایمر بزرگ باید ساخته شود و
آزمایش های کمتری را می توان قبل از هر اسکن دنباله در حافظه جای داد
پایگاه های داده

-M | -- حافظه
مقدار حافظه ای که برنامه باید استفاده کند را مشخص کنید. حافظه بیشتر ساخته شده است
ipcres موجود، سریع‌تر اجرا می‌شود، زیرا آزمایش‌های PCR بیشتری می‌توان انجام داد
در هر اسکن از پایگاه داده های توالی. این شامل حافظه استفاده شده در طول نمی شود
اسکن (برای ذخیره نتایج جزئی و توالی)، بنابراین مقدار واقعی از
حافظه استفاده شده کمی بالاتر خواهد بود.

-p | --بسیار
نمایش نتایج در قالبی قابل خواندن برای انسان، که برای تجزیه طراحی نشده است.

-P | -- محصولات
محصولات PCR را به صورت توالی فرمت FASTA نمایش دهید.

-S | -- دانه
طول بذر را برای کلمه همسایگی برای FSM مشخص کنید. اگر روی صفر تنظیم شود،
پرایمر کامل استفاده می شود. کلمات کوتاهتر وسعت محله را کاهش می دهد، اما
زمان صرف شده توسط ipcress برای فیلتر کردن موارد مثبت کاذب را افزایش دهید.

محیط زیست

هنوز مستند نشده است.

مثال ها

ippress test.ippress sequence.fasta
این ساده ترین روشی است که می توان از ipcress استفاده کرد.
ippress dbsts_human.ipcress --توالی ncbi30/*.fasta -- عدم تطابق 1
یک فایل ورودی را با مجموعه‌ای از فایل‌های fasta مقایسه کنید و اجازه دهید در هر کدام یک عدم تطابق وجود داشته باشد
آغازگر.

نسخه

این اسناد با نسخه 2.2.0 بسته exonerate همراه است.

از ipcress به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید