kissreads - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

kissreads - صفحه دستی برای kissreads 1.2.6

شرح

NAME kissReads، نسخه kissreads ماژول 1.2.6 - حق چاپ INRIA - مجوز CeCILL

خلاصه بوسیدن/بوسیدن [
[
[-I] [-i index_stride] [-m align_file] [-s] [-f] [-h]

توضیحات برای هر دنباله موجود در toCheck.fasta اگر خوانده شود بررسی می کند
منسجم (هر موقعیت حداقل با خواندن (های) "min_coverage" پوشش داده می شود) با خواندن از
readsA.fasta یا readsB.fasta دنباله ای از toCheck به صورت زیر در نظر گرفته می شود:

if (s منسجم با حداقل یک مجموعه خوانده شده): دنباله را به صورت زیر خروجی بگیرید

>کامنت فستای اصلی|C1:min س

با A:min
پوشش در readsA.fasta < پوشش متوسط ​​در readsA.fasta - R-squared تصحیح شد
میانگین در readsA.fa <مقدار موقعیت دارای حداکثر پوشش در
readsA.fasta پوشش تعداد خوانده‌هایی است که موقعیت را کاملاً ترسیم کرده است
هر موقعیت دیگری (با هیچ منسجمی نیست): زوج غیر منسجم خوانده شوند، نه
خروجی

OPTIONS

-k size_seed: از دانه های طولی size_seed استفاده می کند. پیش فرض: 25.

-O minimal_read_overlap: یک خوانده شده را می توان در صورتی ترسیم کرد که همپوشانی آن حداقل باشد
"حداقل_خواندن_همپوشانی". پیش فرض: k

-c min_coverage: یک دنباله توسط حداقل حداقل min_coverage خوانده می شود. پیش فرض: 2

-d max_substitutions: حداکثر تعداد تعویض مجاز بین خواندن و a
قطعه توجه داشته باشید که هیچ تعویضی در موقعیت مرکزی در حالی که مجاز نیست
تجزیه و تحلیل خروجی kissnp پیش فرض: 1.

-o file_name: خروجی های منسجم خواندنی بنویسید. پیش فرض: خروجی استاندارد

-u file_name: خروجی های منسجم خوانده نشده بنویسید. پیش فرض: خروجی استاندارد

-n فایل ورودی (toCheck.fasta) یک خروجی kissnp است (ناسازگار با -I گزینه)

در این حالت: 1/ فقط کاراکترهای بالایی در نظر گرفته می شوند (هیچ نقشه برداری روی آن انجام نمی شود
پسوندها) و 2/ موقعیت مرکزی (جایی که SNP رخ می دهد) به شدت ترسیم شده است،
هیچ جایگزینی در این موقعیت مجاز نیست.

-I فایل ورودی (toCheck.fasta) یک خروجی بین المللی است (ناسازگار با -n گزینه)

-i index_stride (مقدار int). این یک اکتشافی برای محدود کردن ردپای حافظه است.
به جای ایندکس کردن هر کیلومتر از دنباله های موجود در toCheck.fasta،
kissreads کیلومتررهایی را که در هر موقعیت "index_stride" رخ می دهد، فهرست می کند. پیش فرض = 1 (شماره
ابتکاری)

-t حداکثر تعداد رشته ها (همچنین با تعداد فایل های ورودی محدود می شود)

-m align_file، یک فایل از خواندن های نگاشت شده به دنباله ها در فایل align_file بنویسید

-s حالت بی صدا

-f رویدادهای منسجم را در قالب فایل استاندارد fasta خروجی می دهد

-h این پیام را چاپ می کند و خارج می شود

با استفاده از خدمات onworks.net از kissreads آنلاین استفاده کنید