این دستور kraken است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
kraken - اختصاص برچسب های طبقه بندی به توالی های DNA کوتاه
خلاصه
kraken [گزینه های]
OPTIONS
--db نام
نام Kraken DB (پیش‌فرض: هیچکدام)
--موضوعات NUM
تعداد رشته ها (پیش فرض: 1)
---ورودی سریع
ورودی فرمت FASTA است
--fastq-input
ورودی فرمت FASTQ است
--gzip فشرده شده است
ورودی gzip فشرده شده است
--bzip2 فشرده شده است
ورودی bzip2 فشرده شده است
-- سریع
عملکرد سریع (استفاده از اولین ضربه یا ضربه ها)
-- دقیقه ضربه NUM
در عملیات سریع، تعداد بازدیدهای مورد نیاز برای طبقه بندی توجه: اگر این مورد نادیده گرفته می شود
-- سریع مشخص نشده است
-- طبقه بندی نشده نام فایل
توالی های طبقه بندی نشده را در نام فایل چاپ کنید
- طبقه بندی شده نام فایل
توالی های طبقه بندی شده را در نام فایل چاپ کنید
-- خروجی نام فایل
خروجی چاپ به نام فایل (پیش فرض: stdout)؛ "-" خروجی عادی را سرکوب می کند
-خروجی فقط طبقه بندی شده
هیچ خروجی Kraken برای دنباله های طبقه بندی نشده چاپ نکنید
-- پیش بارگذاری
قبل از طبقه بندی، DB را در حافظه بارگذاری می کند
-- جفت شده
دو نام فایل ارائه شده خواندنی با پایان جفت هستند
--چک-نام ها
اطمینان حاصل کنید که هر جفت خوانده شده دارای نام هایی است که با یکدیگر همخوانی دارند. نادیده گرفته شد اگر
-- جفت شده مشخص نشده است
--کمک این پیام را چاپ کنید
- نسخه
اطلاعات نسخه چاپی
اگر هیچ یک از علامت های *-input یا *--compressed مشخص نشده باشد، و فایل معمولی باشد.
فایل، تشخیص فرمت خودکار تلاش می شود.
از kraken آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید