این برنامه لینوکس به نام AlphaFold 3 است که آخرین نسخه آن را می‌توانید با نام AlphaFoldv3.0.1sourcecode.tar.gz دانلود کنید. این برنامه را می‌توان به صورت آنلاین در ارائه دهنده خدمات میزبانی وب رایگان OnWorks برای ایستگاه‌های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام AlphaFold 3 with OnWorks را به صورت رایگان دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
آلفا فولد 3
DESCRIPTION:
AlphaFold 3 که توسط Google DeepMind توسعه داده شده است، یک سیستم یادگیری عمیق پیشرفته برای پیش‌بینی ساختارها و تعاملات زیست‌مولکولی با دقت استثنایی است. این مخزن، خط لوله استنتاج کامل برای اجرای AlphaFold 3 را فراهم می‌کند، اگرچه دسترسی به پارامترهای مدل محدود است و باید مستقیماً از گوگل تحت شرایط استفاده خاص دریافت شود. این سیستم برای کاربردهای تحقیقات علمی در زیست‌شناسی ساختاری، بیوشیمی و بیوانفورماتیک طراحی شده است و مدل‌سازی دقیق پروتئین‌ها، لیگاندها و اصلاحات کووالانسی را امکان‌پذیر می‌کند. کاربران می‌توانند پیش‌بینی‌های محلی را از طریق کانتینرهای Docker انجام دهند و فرآیند استنتاج AlphaFold 3 را با پیکربندی‌های ورودی JSON ارائه شده ادغام کنند. این نرم‌افزار شامل گزینه‌های انعطاف‌پذیری برای اجرای پیش‌پردازش داده‌ها و استنتاج شتاب‌یافته با GPU است که به کاربران امکان می‌دهد با منابع محاسباتی موجود سازگار شوند.
امکانات
- خط لوله استنتاج کامل AlphaFold 3 را برای پیش‌بینی ساختار پیاده‌سازی می‌کند.
- پشتیبانی از پیش‌پردازش داده‌های مبتنی بر CPU و حالت‌های استنتاج شتاب‌یافته با GPU
- محیط مبتنی بر داکر برای استقرار ساده و قابلیت تکرارپذیری
- پیکربندی ورودی مبتنی بر JSON برای وظایف پیش‌بینی قابل تنظیم
- طراحی شده برای ساختار بیومولکولی و مدل‌سازی برهمکنش‌ها
- مستندات گسترده برای نصب، فرمت‌های ورودی/خروجی و مشکلات شناخته‌شده
زبان برنامه نویسی
سی پلاس پلاس، پایتون
دسته بندی ها
این برنامه‌ای است که می‌توان آن را از https://sourceforge.net/projects/alphafold-3.mirror/ نیز دریافت کرد. این برنامه در OnWorks میزبانی شده است تا بتوان آن را به ساده‌ترین روش به صورت آنلاین از یکی از سیستم‌های عامل رایگان ما اجرا کرد.