این برنامه لینوکس با نام Hadoop-BAM است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان hadoop-bam-7.1.0.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام Hadoop-BAM را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
Hadoop-BAM
DESCRIPTION:
Hadoop-BAM یک کتابخانه جاوا برای دستکاری فایل ها در قالب های رایج بیوانفورماتیک با استفاده از چارچوب Hadoop MapReduce با Picard SAM JDK و ابزارهای خط فرمان مشابه SAMtools است.
فرمت های فایلی که در حال حاضر پشتیبانی می شوند عبارتند از BAM، SAM، FASTQ، FASTA، QSEQ، BCF و VCF.
برای توصیف بلندتر Hadoop-BAM، به مقاله "Hadoop-BAM: دستکاری مستقیم داده های توالی نسل بعدی در ابر" در Bioinformatics جلد 28 شماره 6 صفحات 876-877، در دسترس آنلاین در: http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bts054
توجه داشته باشید که بخش کتابخانه Hadoop-BAM عمدتا برای توسعه دهندگان با تجربه در استفاده از Hadoop است. ابزارهای خط فرمان Hadoop-BAM باید برای همه کاربران قابل درک باشد، اما دامنه آنها محدود است.
پروژه SeqPig را برای یک رابط سطح بالاتر با فرمت های فایل پشتیبانی شده توسط Hadoop-BAM ببینید: http://seqpig.sourceforge.net
Seal برای ابزارهای تراز خواندن مبتنی بر Hadoop، Seal را ببینید: http://biodoop-seal.sourceforge.net
مخاطبان
توسعه دهندگان
زبان برنامه نویسی
جاوه
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/hadoop-bam/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.